按照国务院《通知》要求，第二次全国土地调查主要任务包括：开展农村土地调查，查清全国农村各类土地的利用状况；开展城镇土地调查，掌握城市建成区、县城所在地建制镇的城镇土地状况；开展基本农田状况调查，查清全国基本农田状况；建设土地调查数据库，实现调查信息的互联共享。在调查的基础上，建立土地资源变化信息的调查统计、及时监测与快速更新机制。具体任务如下： 农村土地调查是指对城市、建制镇以外的土地进行调查。农村土地调查是第二次土地调查的重点任务。按照调查内容，农村土地调查分农村土地利用现状调查和农村土地权属调查两部分。
（1）农村土地利用现状调查。以1:1万比例尺为主，以县区为基本单位，按照统一的土地调查技术标准，以正射影像图为基础，实地调查城镇以外的每块土地的地类、位置、范围、面积、分布等利用状况，查清全国耕地、园地、草地、林地、农村居民点等各类土地的分布和利用现状。
（2）农村土地权属调查。农村土地权属调查主要是查清农村集体土地所有权和公路、铁路、河流以及农、林、牧、渔场（含部队、劳改农场及使用的土地）等国有土地的使用权状况。充分利用土地调查成果，加快推进土地登记发证，完成农村集体土地所有权登记发证工作。 （1）建立四级土地利用数据库
按照土地利用数据库建设标准，以县（区、市）为单位组织开展土地利用数据库建设，对土地利用现状数据、土地权属数据和基本农田等数据进行管理，满足县级日常变更等业务需要；在市级，以市（地、州）为单位，结合市级管理模式，整合各县级土地利用数据库，构建市级土地利用数据库，满足市级国土资源日常管理需求；以省为单位组织，对市县级土地利用数据库全面整合，建立省级土地利用数据库，满足省级国土资源管理对土地基础数据的基本需要。在中央一级，借助现有的网络系统，由国家组织建立国家级土地利用数据库，提供对各级土地数据到地块的查询检索、统计汇总、分析输出、及时调用和定期备案等功能。另外，各级数据库之间提供访问和调用接口，满足数据上传、接收、交换、备份、更新维护、日常应用等工作需要。
（2）建立市县地籍信息系统
各市（县）按照地籍信息系统建设有关技术标准和要求，以市（县）为单位，组织建立地籍信息系统，对市（县）地籍调查和地籍测量结果的图形数据、宗地属性以及各种表、卡、册等数据信息进行集中管理，并提供编辑录入、查询统计、日常变更、制图输出、登记发证以及办公流程等管理功能，满足日常业务及管理需求。 （1）数据汇集
在土地利用数据库的基础上，逐级汇总各级行政辖区内的各类土地利用数据以及基本农田和城镇建设用地等数据，增加非调查区域的港澳台地区的土地数据，形成国家及各级行政辖区内的综合及专题调查汇总成果。
（2）图件编制
利用数据库管理和计算机辅助制图等技术，采用缩编等手段对全国土地调查图形数据进行整理缩编，编制出国家、省、地（市）、县级系列土地利用图件、图集和各种专题图件（集）等。
（3）成果分析
根据土地调查结果，结合相关资料信息，开展土地利用状况分析。对耕地、基本农田等各类土地的数量、分布、利用结构及其变化状况进行综合分析，评判土地利用的集约节约程度，预测变化趋势，为土地开发潜力挖掘，节约集约利用土地资源提出建议。根据土地调查及分析结果，各级国土资源管理部门编制第二次土地调查报告。
为保持调查成果现势性，从2009年下半年开始，继续进行每年一次的土地变更调查工作，组织各地对土地利用变化状况进行全面调查，及时汇总调查成果；国家建立及时监测系统，运用航空（天）遥感等高技术手段，定期对重点地区、重点地类进行变化监测，并周期性覆盖全国，及时检查各地变更调查工作情况，并利用监测成果积极做好成果维护和应用工作。制定土地调查、统计、登记相关法律、法规，逐步建立稳定的常设调查队伍，保障调查经费，进一步完善全国统一的土地调查、统计和登记制度。
