看你怎么认为，四川大学与南开大学的差距确实体现在学科规模上，四川大学的学科规模比南开大学大；然后比两者的顶尖学科数量其实又差不多，所以结果川大胜出情理之中。当然南开名气依旧比川大高，加上高考招生人数比川大少很多，高考录取分数线一样是南开高（总体情况）。
2012年南开大学在教育部官方学科评估各专业名次如下：
第2：化学
第2：世界史
第4：理论经济学
第4：统计学
第5：中国史
第5：数学
第5：光学工程
第5：政治学
第6：应用经济学
第6：工商管理
第7：社会学
第7：植物保护
第7：图书情报与档案管理
第7：考古学
第8：生物学
第8：环境科学与工程
第8：哲学
第8：马克思主义理论
第9：物理学
第10：中国语言文学
第22：法学
第27：外国语言文学
第27：基础医学
第27：药学
第33：控制科学与工程
第34：管理科学与工程
第34：软件工程
第38：计算机科学与技术
四川大学学科评估名次如下：
口腔医学
2.护理学
3.轻工技术与工程
4.中西医结合
5.新闻传播学
5.考古学
5.核科学与技术
5.生物医学工程
5.艺术学理论
6.临床医学
6.水利工程
7.药学
8.公共卫生与预防医学
8.纺织科学与工程
9.中国史
9.数学
9.图书情报与档案管理
9.美术学
10.化学工程与技术
10.航空宇航科学与技术
12.化学
12.材料科学与工程
12.公共管理
13.哲学
13.法学
13.基础医学
15.生物学
15.光学工程
16.理论经济学
16.软件工程
17.马克思主义理论
17.外国语言文学
18.政治学
18.林学
18.设计学
19.管理科学与工程
19.世界史
19.城乡规划学
20.统计学
20.生态学
20计算机科学与技术
20.农业工程
21.力学
21.物理学
23.仪器科学与技术
24.工商管理
26.信息与通信工程
26.建筑学
26.环境科学与技术
27.电气工程
27.食品科学与工程
31.土木工程
33.风景园林学
35.体育学
36.应用经济学
43.机械工程
学科评估结果对比：前十名的学科南开与川大都是20个，也就是说两者的优势学科都差不多。关键就在10到20名的学科（这部分学科可以看成潜力学科，只要再好好发展一下，就有希望进前十），南开很悲剧一个没有，而川大则有十几个。20名开后的南开都是工科，所以很明显反映出南开的缺陷，不过川大因为学科规模大，同样拖后腿的学科也多，这也是大家都是川大是巨无霸的原因吧。
个人建议：纯粹对比哪个学校好没什么意义，真要考大学还是建议根据专业来选择，比如南开和川大，学医的话肯定是川大，南开都没有医学，学化学、经济学什么的选南开优势明显。