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我国的医疗保险制度主要分为三种，一是适用于企业职工的劳保医疗制度，二是适用于机关事业单位工作人员的公费医疗制度，三是适用于农村居民的合作医疗制度。
劳保医疗制度是根据1951年2月26日政务院公布的《中华人民共和国劳动保险条例》而建立起来的。该制度主要适用于国营企业和部分集体企业的职工。劳保医疗费用在1953年以前全部由企业负担；1953年改为根据行业性质分别按工资总额的5%～7%提取。1969年，财政部发布规定要求中央国营企业的奖励基金、福利费和医药卫生费实行合并提取办法，统一按照企业工资总额的11%提取的职工福利基金直接计入成本。劳保医疗待遇的主要内容包括：⑴职工医疗或非因工负报告团，所需诊费、手术费、住院费及普遍药费，均由企业负担，贵重药费、住院的膳食及就医路费由本人负担，如本人经济状况确有困难，可由劳动保险基金项下酌予补助。⑵职工因病或非因工负伤停止工作医疗时，其停止工作医疗期间，连续在6个月以内者，按其本企业工龄的长短，由企业发给病假工资，数额为本人工资的60%～100%；停止工作边疆医疗时间在6个月以上的，改由劳动保险基金项下按月给付疾病救济费，数额为本人工资的40%～60%，直至能工作或确定为残废或亡为止。⑶职工因病或非因工负伤医疗终结确定为残废，完全丧失劳动能力退职后，病伤假期工资或疾病救济费停发，改由劳动保险项下发给非因工负伤残废救济费，残废救济费的确定标准是：饮食起居需要人扶助者为本人工资的50%，饮食起居不需要人扶助者为本人工资的40%，至恢复劳动能力或亡。时止。⑷职工供养的直系亲属患病时，得在企业医疗所、医院、特约医院或特约中西医师处免费诊治，手术费及普遍药费，由企业负担1/2。针对劳保医疗中企业和国家负担对重的情况，1966年4月劳动部和全国总工会颁发了《关于改进企业职工劳保医疗制度几个问题的通知》，对劳保医疗作了一些新规定，如规定职工患病和非因工负伤，在就诊所需的挂号费和出诊费均由职工个人负担；医疗时所需的贵重药品，由企业负担，但服用营养滋补药品的费用，应由职工负担等。
公费医疗制度是1952年6月政务院发布的《关于全国各级人民政府、党派、团体及所属单位的国家机关工作人员实行公费医疗预防撒谎指示》建立起来的。公费医疗制度的实施范围包括各级国家机关、党派、人民团体以脱离文化、教育、科研、卫生、体育等事业单位的工作人员和革命残废军人、高等院校在校学生等。公费医疗的经费来源于国家与各级政府的财政预算拨款，由各级卫生行政部门或财政部门统一管理和使用，从单位“公费医疗经费”项目中开支，实行专款专用。享受公费医疗人员门诊、住院所需的诊疗费、手术费、住院费、门诊费或住院中经工程师处方的药费，均由医药费拨付；但住院的膳食、就医路费由患病者本人负担，如实有困难的，得由机关给予补助，在行政经费内报销。
合作医疗制度主要适用于农村地区，与劳保医疗和公费医疗不同的是，它并非是由国家立法强制建立的，也没有国家财政给予资金支持，而是在农村地区，通过集体和个人集资筹集医疗经费，为农民居民提供医疗保健服务的一种互助济制度。合作医疗制度出现在20世纪50年代末期，普遍推行于60年代中期。1965年中央中央批转卫生部党委《关于把卫生工作重点放到农村的报告》，强调加强农村基层卫生保健工作，推动了农村合作医疗制度的发展。到1965年底，全国已有山西、湖北、江西等十多个省、自治区、直辖市的一部分市县实行了合作医疗制度，到1976年，全国已有90%的农民参加了合作医疗制度。农村合作医疗制度以集体经济为基础，以农民群众自愿参加为原则，合作医疗基金为集体出资和个人集资或集体投资和个人集资相结合的形式。合作医疗以量入为出为原则，群众看病只需缴纳少量费用，大部分可从合作医疗基金中报销。因此，该制度受到了农民群众的普遍欢迎，成为家村集体福利事业的一项重要内容。但自70年代末以来，由于农村实行了经济体制改革，普遍采取了家庭联产承包责任制，使农村合作医疗制度失去了原有的经济基础，导致农村合作医疗制度在全国各地几乎消亡。
自2003年起，新型农村合作医疗开始试点，2012年是新农合制度实施十周年。十年来，在各级党委、政府的高度重视和正确领导下，有关部门通力合作，农民群众积极参与，新农合制度建设扎实推进，取得了显著成效。
一是实现全面覆盖，参合率稳定在较高水平。新农合制度自2003年开始试点，到2008年实现了全面覆盖，参合人口数从试点初期的0.8亿，逐年稳步增长，截至2012年6月底，参合人口达到8.12亿人，参合率达到95%以上。
二是筹资水平不断提高，保障能力逐步增强。新农合人均筹资水平由2003年的30元提高到2012年的300元左右。2012年，新农合政策范围内住院费用报销比例进一步提高到75%左右，最高支付限额提高到全国农民人均纯收入的8倍以上，且不低于6万。
三是确立了较为完善的符合中国国情的制度框架和运行机制。新农合建立了由政府领导，卫生部门主管，相关部门配合，经办机构运作，医疗机构服务，农民群众参与、费用补偿公开的管理运行机制；明确了以家庭为单位自愿参加，个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制；形成了以住院大额费用补偿为主，并逐步向门诊统筹和重大疾病扩展的统筹补偿模式，2011年在90%以上的地区开展了门诊统筹，参合农民受益范围更加广泛；建立了参合农民在统筹区域内自主就医、即时结报的补偿办法，2011年，已有超过2/3的省(区、市)实现新农合省市级定点医疗机构即时结报；建立了基金封闭运行机制和多方参与的监管机制；深入推进支付方式改革，2011年已有超过80%的地区开展了不同形式的支付方式改革，新农合制度合理有效控制医药费用的作用开始显现；积极推进商业保险机构参与经办新农合服务工作，探索“管办分开、政事分开”的新农合管理运行机制。
今后一个阶段，结合中央深化医改的总体部署，卫生部将重点推进以下几方面的工作：
一是稳步提高新农合筹资标准，到2015年，新农合政府补助标准将提高到每人每年360元以上，个人缴费标准适当提高，并逐步探索建立与经济发展水平相适应的筹资机制。
二是加强新农合精细化管理，严格基金使用管理，加强对定点医疗机构的监管；全面推行新农合省市级定点医疗机构和村卫生室的即时结报工作，逐步推行省外异地结报；加快新农合信息化建设。
三是推进提高重大疾病医疗保障水平试点工作，将儿童白血病、肺癌等20种疾病纳入保障范围。贯彻落实六部委《关于开展城乡居民大病保险工作的指导意见》，做好大病保险与新农合大病保障工作的衔接，优先将这20种重大疾病纳入大病保险范围。
四是加快推进新农合支付方式改革，用总额预付、按病种、按单元、按人头等支付方式替代按项目付费，控制费用，规范医疗服务行为，提高基金绩效。
五是加快推进委托有资质的商业保险机构参与新农合经办服务工作，扩大商业保险机构经办新农合的规模，建立新农合管理、经办、监管相对分离的管理运行机制。
六是认真总结新农合制度实施10年来的经验，推动《新农合管理条例》及早出台，尽快将新农合纳入法制化管理轨道。
实践证明，新农合制度符合农村实际，是现阶段农村居民基本医疗保障制度的重要实现形式。十年来，新农合制度从无到有，由小到大，对保障农民健康发挥了重要作用。作为新农合制度的主管部门，卫生部门将会同有关部门继续扎实推动新农合制度发展，促进农村居民健康水平稳步提高。