和现代任何一个工业技术一样，转基因技术也具有两面性。由这种技术创造出来的新型遗传基因和生物可能对人类有益，也可能有害于人类。因此，对他们的各种可能性必须进行鉴别，防止它们可能对生态环境造成新的污染，即所谓的遗传基因污染。这种新的遗传基因污染源一旦产生，就目前的科学技术水平而言，还没有很好的办法来消除，只能采取被动的防护办法来进行保护。这也就是我们实施农作物品种转基因生物安全证书的目的所在。还有，转基因农作物和以此为原料制造的转基因食品对人的影响也尚未有定论，故需要对转基因农作物品种实施生物安全认证，发放农业转基因生物安全证书。