李醯决定除掉扁鹊这个心腹之患，他派了两个刺客，准备刺杀扁鹊。行凶之前被扁鹊的弟子发觉，暂时躲过了一劫。扁鹊只得离开秦国，他沿着骊山北面的小路走，李醯再一次派杀手扮成猎户的样子，在半路上劫杀了扁鹊。
秦国百姓为此恨透了李醯。有一次，李醯乘着马车从咸阳近郊经过，一群人认准了他，就一齐挥舞棍棒将他团团围住，高呼着要为扁鹊报仇伸冤。李醯吓得面无人色，浑身哆嗦躲在车帷中。如果不是保镖随从拚死护卫，当时就被众人剁成肉泥了。尽管他暂时逃过了百姓的惩罚，却永远被钉在了历史的耻辱柱上。
扁鹊一生行万里路，医万人病，起沉痾，拯危急，为后世医生树立了杰出的榜样。后人怀念他，为他树立了数不胜数的祠堂、庙宇、陵墓和衣冠冢。扁鹊生前一共传授了九个弟子，他的精湛医术就靠这些弟子承传下来。到了汉代，还有《扁鹊内经》九卷、《外经》十二卷和《秦始黄帝扁鹊俞拊方》十三卷等有关扁鹊的医书见于《汉书．艺文志》。现吁汉代的医书《难经》就是根据扁鹊的医书整理而成的。