如果由于土地存在争议、纠纷等问题导致土地未能确权登记，待争议解决之后，将可以进行确权登记。
但如果是存在以下三类情况，将不予确权，土地将会被收回：
1、未经许可开荒的土地
目前农村的开荒土地主要分为经过许可开荒和未经许可开荒，主要是以开荒土地时是否获得农村集体组织或者当地政府部门的许多为依据，经过许可开荒的土地将与承包地一样确权登记给开荒者。
而未经许可开荒的而土地，则不予确权，原则上交予开荒者继续使用，待农村集体组织有其他规划，则会收回其使用权！
2、违法占用耕地、基本农田作为宅基地建房
农民朋友修建房屋，必须获得宅基地使用权证书，如果确权此项证书则属于违规违法建房，如果是滥用耕地、基本农田，则不予确权登记，还将会被农村集体组织收回，重新分配。
3、废弃、闲置宅基地
此类宅基地也将会被农村集体组织收回。
根据《确定土地所有权及使用若干规定》第二条：
土地权属争议，由土地管理部门提出处理意见，报人民政府下达处理决定或报人民政府批准后由土地管理部门下达处理决定。
第五十二条规定：空闲或房屋坍塌、拆除两年以上未恢复使用的宅基地，不确定土地使用权。已经确定使用权的，由集体报经县级人民政府批准，注销其土地登记，土地由集体收回。
第五十八条规定：各级人民政府或人民法院已依法处理的土地权属争议，按处理决定确定土地所有权或使用权。
扩展资料：
现在的土地确权工作，是以户为单位进行的，而不是以人为单位。这样一来，也就预示着在土地确权完成之后，农户家里的新增人口，新增人口包含新生儿、外来的媳妇等等情况，这些人就会没有土地。
随着如今农村城镇化的发展，有很多农户家里的土地在城镇化的过程中被征收了，这些人虽然当时得到了一定的补偿，但是却永久的失去了土地。土地确权完成后，这些人也不能再次申请，也就永远失去土地了。
现在很多在外打工挣了钱的农民工兄弟会选择进城买房安家落户，然后就退出了农村的土地。这种情况自然就不能享受农村的土地相关权益了，在确权之后，也不能再次申请土地，就永远的脱离农村了。
参考资料：
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