主要矛盾就是双方为领土问题争执不休。菲律宾至今还占领我8个岛礁。即马欢岛、南钥岛、中业岛、西月岛、北子岛、费信岛、司令礁、仁爱礁。
马欢岛，1947年和1983年公布名称为马欢岛。以纪念明代跟随郑和下西洋的翻译官马欢。我国渔民向称大罗孔、罗孔。1970年该岛被菲律宾侵占。
南钥岛，1968年后，菲律宾侵占该岛。1994年，中菲海军在南钥岛海域有场小规模的冲突，其结果菲2艘炮艇被击沉，数名士兵死亡。岛上的一些建筑被摧毁，包括一个瞭望塔，此后，菲放弃了该岛，至今无人居住。
中业岛，是中国南沙群岛第二大岛，长800米，宽500米，面积0.33平方公里（约合495亩），“中业”一名系为纪念1946年国民党政府海军接收南沙群岛主权的军舰“中业号”而命名。中业岛自1971年起被菲律宾占领，岛上有驻军、机场、商店、发电厂等，是菲律宾统治南沙群岛的指挥中心。
西月岛，南沙群岛岛礁之一，长约700米，面积0.16平方公里（约合240亩），是南沙群岛的第三大岛，自1963年起被菲律宾占领。
北子岛，坐落在南沙北部最大的岛。北部岛礁最靠近海南岛，共有岛2座，水下沙洲1座，暗礁2座，暗沙5座。北子岛自1971年起被菲律宾所侵占。
费信岛，位于南沙群岛北部，在马欢岛北约5海里。1970年费信岛为菲律宾当局非法侵占。
司令礁，1980年司令礁被菲律宾非法侵占。
仁爱礁，在北纬9度39-48分，东经115度51-54分范围内，这个环礁的礁盘并不连续，而是断开一截截。环礁北半部礁盘是连在一起，呈半圆形，南半部断成数段。因此，口门开在南边，35吨渔船可驶入湖盆。大部分礁盘退潮时可出露海绵环礁。1947年公布名称为仁爱暗沙，我国渔民向来称名为“断节”，1983年公布仁爱礁为标准名称。1999年5月9日菲律宾海军将一艘破旧的大型登陆舰开上礁盘，以搁浅坐滩为借口，实现对该礁的“事实占领”。
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