您好，我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能回答您的问题^_^
1.黑暗组织出现的集数
001 云霄飞车杀人事件
005 新干线大爆炸事件
013 奇怪的寻亲杀人事件
054 电玩公司杀人事件
118 浪花连续杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
272 急忙掩饰的忽略（后篇）
279 迷宫的阴暗（前篇）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）
290 光彦森林迷失记（后篇）
307 没有声音的证词（前篇）
308 没有声音的证词（后篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
338 四辆保时捷（上）
339 四辆保时捷（下）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 前奏曲
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 尾奏曲
394 奇妙房屋的大冒险（封印篇）
425 黑色冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间
427 充满神秘的上学之路（前篇）
428 充满神秘的上学之路（后篇）
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)
578 召唤危机的红色凶兆
579 黑与13的暗示
580 逼近黑色时刻
581 红色飘摇的目标
2.哀变成小孩第一次出场集数
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
3.柯南变回工藤新一的集数
001 云霄飞车杀人事件
048 外交官杀人事件(前篇)
049 外交官杀人事件(后篇)
100 初恋情人回忆事件（前篇）
101 初恋情人回忆事件（后篇）（有新一以回忆方式出现）
162 飞天密室 工藤新一最初的事件（有新一以回忆方式出现）
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活 第三个选择（新一出现 大概）
191 危命的复活 黑衣骑士 （新一出现）
192 危命的复活 新一回来了（新一出现）
193 危命的复活 约定的场所（新一出现）
219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德（有新一以回忆方式出现）
286 工藤新一纽约事件(事件篇)
287 工藤新一纽约事件(推理篇)
288 工藤新一纽约事件(解决篇) （有新一以回忆方式出现）
472 工藤新一少年的冒险(前篇)
473 工藤新一少年的冒险(后篇)（有新一以回忆方式出现）
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决（有新一以回忆方式出现）
521 杀人犯、工藤新一
522 新一的真面目与兰的眼泪
523 真正想问的事
4.柯南被兰怀疑是工藤的集数
最早一次，是出现在“每月一件礼物胁迫事件”中，露马脚的是当小兰对柯南说：“这么快就找到了，不愧是新一啊”而柯南答应了。解决方法是，柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人；第二次，应该是“走头无路的名侦探，连续两大杀人事件”里，露马脚的原因是柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。第三次应该就是“危命的复活”系列中，当柯南受伤做手术需要输血时恰赶上医院血库里柯南血型的血用光了，小兰耗不犹豫地为柯南献血，而小兰知道她自己与新一是一个血型，这使得柯南感觉到小兰已看透他的真实身份，觉得瞒不下去了，正当柯南在平次的建议下打算把真相告诉小兰时，灰原告诉柯南这样会带来杀机，让他继续隐瞒。解决方法是，柯南吃了灰原参考白干成分开发的ATPX解药的实验品，变回新一，出现在小兰表演节目的舞台上，而灰原伪装成柯南，使新一、柯南同时出现在小兰面前，解除了小兰的疑惑。但实验品毕竟是实验品，还没等新一向小兰表白，他又变回了柯南最近一次，是“小兰的疑惑”中，发现新一的手机与柯南的手机一样，当小兰试图解开这个问题时，柯南用早已录好的新一声音的磁带给小兰打去电话，同时，柯南出现在小兰面前。
剧场版中，每一弹都有小兰把柯南看成新一的时候，尤其是第三弹(世纪末的魔术师)，小兰对柯南的推理、动作、语言产生了极大的怀疑，最后，小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南一筹莫展正要招供时，基德伪装成新一(基德与新一本身就像，因此不用大伪装)出现在小兰家里。基德之所以这样做，是为了报答柯南救鸽子之恩。
所以小兰只是怀疑柯南是新一，并未识破，以下几集都是您要的：
007 每月一件礼物威胁事件
【这孩子的思维和行动方式太像大人了……】
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件
【长得太像了，柯南和小时候的新一太像了】
188 危命的复活 洞窟中的侦探团
189 危命的复活 负伤的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
【小兰怀疑柯南了，而且知道他的血型；在灰原帮助下柯南再次变回了新一】
398 奇妙一家的委托(前篇)
399 奇妙一家的委托(后篇)
400 心存疑惑的兰
【小兰给新一发邮件，柯南的手机却响了起来……】
5.平次出现过的集数
048 外交官杀人事件（前篇）
049 外交官杀人事件（后篇）
057 福尔摩斯迷杀人事件（前篇）
058 福尔摩斯迷杀人事件（后篇）（发现江户川柯南就是工藤新一这个秘密）
077 名门连续惨死事件（前篇）
078 名门连续惨死事件（后篇）
117 推理小说家失踪事件（后篇）*（引子以及打给出版社的电话）
118 浪花连续杀人事件（1小时特别篇）
141 结婚前夜的密室事件（前篇）
142 结婚前夜的密室事件（后篇）
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）
174 20年的杀意 新佛尼号连续杀人事件 （1.5小时特别篇）
189 危命的复活 负伤之下的名侦探 *（探望受伤的江户川柯南）
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 归来的新一*
221 满口谎言的委托人（后篇）*（引子）
222 人鱼失踪记（事件篇）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
238 大阪的3个K事件（前篇）
239 大阪的3个K事件（后篇）
240 新干线护送事件（前篇）*（收尾）
263 大阪双重迷案 浪花剑士与太阁之城（1.5小时特别篇）
277 英语教师VS关西名侦探（上）
278 英语教师VS关西名侦探（下）
291 孤岛的公主与龙宫城（事件篇）
292 孤岛的公主与龙宫城（追求篇）
293 孤岛的公主与龙宫城（解决篇）
323 服部平次一筹莫展（前篇）
324 服部平次一筹莫展（后篇）
325 火焰中的红马（事件篇）
326 火焰中的红马（搜查篇）
327 火焰中的红马（解决篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（2小时特别篇）
371 沉默的航线（前篇）*（一个镜头）
381 谁的推理秀（前篇）
382 谁的推理秀（后篇）
383 甲子园的奇迹 绝不能输给看不见的恶魔（1.5小时特别篇）
406 柯南平次的推理魔术（操纵篇）
407 柯南平次的推理魔术（公馆篇）
408 柯南平次的推理魔术（解决篇）
479 和服部平次一起的3天（1.5小时特别篇）
484 黑色照片的去向（前篇）*（告诉江户川柯南自己对本堂瑛佑的调查结果）
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决
491 红与黑的碰撞 开端*（收尾）
509 红白黄色与侦探团 * （柯南回忆《火焰中的红马》情节）
515 怪盗KID的瞬间移动魔术（1小时特别篇）*（引子）
516 风林火山 迷宫的铠甲武士（特别篇）
517风林火山 阴和电闪的终结
521 杀人犯-工藤新一 (1小时特别篇）
522 新一的真实身份与兰的眼泪 （1小时特别篇）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇） *（给江户川柯南打电话）
554 鹳的探索之旅（兰搜索篇）◆
555 鹳的探索之旅（阳菜追踪篇）◆
572 妖怪仓库中的夺宝战斗（后篇）（也算，躲在仓库后面）
573 害羞的护身符的去向（前篇）
574 害羞的护身符的去向（后篇）
610 被害者是工藤伸壱（“工藤伸壱”和“工藤新一”读音相同）
611 犬伏城 炎之魔犬（鬼火之章）
612 犬伏城 炎之魔犬（足迹之章）
613 犬伏城 炎之魔犬（姬之章）
6.基德出现的集数
076 柯南vs怪盗基德
132 魔术爱好者杀人事件(事件篇）
133 魔术爱好者杀人事件(疑惑篇）
134 魔术爱好者杀人事件(解决篇）
219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德
356 怪盗基德的惊异空中步行
394-396奇异屋宇的大冒险
469 怪盗基德与四幅名画（前篇）
470 怪盗基德与四幅名画（后篇）
472 工藤新一少年时的冒险（前篇）【一代】(但本人也出现了，是在七岁时候的黑羽快斗) 473 工藤新一少年时的冒险（后篇）【一代】(但本人也出现了，是在七岁时候的黑羽快斗) 479和服部平次在一起的三天(远影)
515 怪盗基德瞬间移动（自身）
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
571妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇) (江户川柯南在解释警视厅搜查各科的工作时出现过远影)
585 永恒的樱花之恋 （基德的预告)
586 消失在黑暗中的麒麟之角
587 基德VS四神侦探团
参考资料：百度百科
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