乡镇政府统一管理村委会公章不合法，违反国家的有关规定。是高度集中的村级行政化管理体制的回归，并不是什么创新。
村民委员会组织法规定，“村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织。”“乡、民族乡、镇的人民政府对村民委员会的工作给予指导、支持和帮助，但不得干预依法属于村民自治范围内的事项。”这就明确定位了村民委员会的性质及其与乡镇政府的关系。村委会公章是村级公共权力的象征，是村民委员会行使自我管理职权的基本手段，在村民自治体制下只能由本村村民自治组织进行管理。乡镇政府统一管理村民委员会的公章，已经超出了对村民委员会指导工作的职权，属于严重侵犯村民自治管理权利的违法行为。
国务院办公厅以国办发[2001]52号文件转发的《民政部、公安部关于规范村民委员会印章制发使用和管理工作的意见》(以下称意见)明确指出，
“村民委员会要加强对印章和印章使用的管理，既要严格遵守印章管理规定和印章使用审批程序，又要方便群众的生产和生活。”
“村民委员会印章要有专人保管，保管人由村党支部、村民委员会提名，并经村民代表会议讨论后决定。”这就明确无误地说明了村委会印章的管理主体。
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