口袋妖怪BW目录：
BW01.前往合众地方!捷克罗姆的身影!!X/S/Z/R（修帝、艾莉丝、红豆杉博士登场，修帝得到藤藤蛇，修帝与小智第一次对战，小智落败）
BW02.艾莉丝与牙牙!! S/Z/R（火箭队原有神奇宝贝寄放在本部，艾莉丝同行，武藏收服滚滚蝙蝠，小智收服豆豆鸽）
BW03.水水獭!黑眼鳄!危在旦夕!!S（小智得到水水獭）
BW04.对战俱乐部!神秘神奇宝贝现身!!R（小智得到暖暖猪）
BW05.三曜道馆!VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!! R（天桐登场）
BW06.梦的遗址!食梦梦与梦梦蚀!! R（小智得到挑战徽章，艾莉丝与天桐加入）
BW07.藤藤蛇迷人收服!? R（小智收服到藤藤蛇）
BW08.火红不倒翁与达摩狒狒!钟塔的秘密!!
BW09.蜈蚣王发飙!拯救牙牙!! R
BW10.劲敌对战!强敌轻飘飘!! X/R（富林多登场，修帝与小智第二次对战，小智落败）
BW11.石居蟹!去夺回自己的房子吧!! R（天桐得到石居蟹）
BW12.破破袋战队与秘密基地!?（小智得到神奇宝贝蛋）
BW13.泡沫栗鼠有洁癖!? S/B（白露登场，白露收服泡沫栗鼠）
BW14.七宝市!博物馆大冒险!! R
BW15.七宝道馆赛!VS道馆训练家·芦荟!!
BW16.再次挑战七宝道馆!新绝招爆发!! （小智得到基础徽章，暖暖猪学会火焰袭击，水水獭学会喷射水柱）
BW17.从蛋中孵出的小霸王!! R（小智的蛋孵化成滑头小子，塞格博士登场）
BW18.矢车森林!虫宝包与亚堤!!（小智收服虫宝包，并将豆豆鸽寄放在红豆杉博士处)
BW19.酒侍对决!石居蟹对双刃丸!!
BW20.皮卡丘VS黑眼鳄VS鸭宝宝!!（皮卡丘学会电球）
BW21.天之箭桥与歌德小姐! S（豆豆鸽归队，并将虫宝包寄放在红豆杉博士处）
BW22.飞云市!结段蜈蚣恐慌! X/S/R（豆豆鸽进化成波波鸽）
BW23.火箭队VS等离子队!（前篇）S/R/P/H（延期）（等离子队登场）
BW24.火箭队VS等离子队!（后篇）S/R/P/H（延期）（根据BW25，火箭队的任务已结束，小智的虫宝包归队，并将波波鸽寄放在红豆杉博士处）
BW25.飞云道馆赛!纯情之心的虫系神奇宝贝对战!!（小智得到甲虫徽章，虫宝包进化成包衣茧并学会能源球；小次郎得到哭哭面具）
BW26.飞云市钓鱼大会!钓鱼酒侍天桐登场!! B（6月23日，白露暂时入队）
BW27.可爱的脸要注意!被电飞鼠麻痹了!! B（艾莉丝得到电飞鼠）
BW28.电飞鼠VS藤藤蛇!!闪电交替大混乱!! B（白露离队）
BW29.烛火鬼大宅的恐怖故事!!R
BW30.通往龙系大师之道!牙牙VS赤恶龙!!（牙牙掌握龙之怒）
BW31.消失的扇贝贝!水水獭最大的危机!!
BW32.恋爱的棉花宝乘着风吧!!（小智的波波鸽归队，并将包衣茧寄放在红豆杉博士处）
BW33.利格雷与不明飞行物体!!
BW34.劲敌对决!雪花冰、木棒小子参战!! X/C（赤楠在修帝回忆中登场，修帝与小智第三次对战，平手）
BW35.震音蟾蜍、玛奇鱼！水边的战斗!!X（小智的包衣茧归队，水水獭掌握喷射水柱，小智收服震音蟾蜍并将其与波波鸽一同寄放在红豆杉博士处，天桐收服玛奇鱼）
BW36.龙系克星登场!艾莉丝与龙头地鼠!!（龙头地鼠再次服从与信任艾莉丝并学会集气弹）
BW37.滚地球!发射光泽电炮!!（小智收服滚地球，并将其寄放在红豆杉博士出处）
BW38.侦探酒侍天桐!差不多娃娃失踪事件!!（6月9日，小智的滚地球归队，并将某一只神奇宝贝寄放在红豆杉博士处）
BW39.化石复活!古代怪鸟古翼龙!!S（6月16日）
BW40.索罗亚的电影!神奇宝贝夜之传说!!（6月30日）
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