沉香的形成是因为沉香植株受到自然界的伤害，比如虫蛀、风折或者雷劈等。伤口在自我修复过程中分泌出油脂，然后又受到真菌的感染，所结成的伤疤。日积月累后形成的瘤状伤疤，就是一块沉香木。
受伤是结香的必要条件，在自然界中，树体受伤为小概率事件，受伤原因主要有昆虫蛀蚀、动物攀爬碰撞、泥石流、风吹雨打等。一旦沉香树因外力作用而受伤，沉香树作为生命体会立刻产生应激反应，分泌大量树液，其中主要含有三种成分：
一为营养因子，比喻为树的“红血球”，其作用是提供养料促进受伤组织恢复；
二为抗体因子，比喻为树的“白血球”，其作用是抵御外来入侵，抗感染；
三为凝固因子，比喻为树的“血小板”，凝固伤口局部，保障树液不至于大量流失。
当今科学研究证明，营养因子物质是在沉香树正常生长过程中就存在的，只是树体受伤后分泌的速度加快；而抗体因子有一些是原先树体内就有的，另一些物质则是正常生长中不存在的，比如苄基丙酮等抑制真菌扩散的物质；凝固因子物质在正常树体内含量极少，此部分物质很可能是树的某些组织细胞破壁后所出现的，属于树体的自我保护机理。需要特别说明一下的是，沉香树树体在正常情况下不会分泌芳香物质，此时的沉香树并没有香味。即使在受伤后，沉香树依然没有沉香的香气。
真菌入侵是结香的关键环节。在树体受伤恢复过程中，如果周边环境中的温度、湿度等条件适合，而正好伤口周边存在适合的真菌，菌群就会通过沉香树伤口表皮入侵树体，并且迅速以树液中的营养因子为培养基进行复杂的生物反应过程，真菌在厌氧环境下产生了很多了很多代谢物，而这些代谢物中含有大量沉香树原本所没有的新的芳香物质，而这些芳香物质就是沉香香气的来源此时，沉香树内凝固因子会大量生成，并逐渐凝固被感染区域内的部分脉管中的树液，以此来抵抗真菌的进一步入侵。这时，虽然沉香树种已经有芳香物质，但其量极少，并不成形，还不能成为沉香。
感染的持续和扩散。真菌感染和代谢不仅停留在伤口位置，还会沿着树体的营养管道进一步入侵，这就是我们通常所说的感染扩散过程。在各种条件满足下，在沉香树内，真菌不断扩大感染，不断与树体内的各种因子相互作用，持续产生芳香物质，又不断被树的凝固因子凝结在脉管中，这个感染、反应、产生芳香物质、被凝固、再扩散感染的过程，周而复始。循环往复，被称为持续感染阶段。这一阶段是持续结香并最终结出成块沉香的保证。
最终，在沉香树体内，新生成的发香物质、真菌本体、真菌其他不发香代谢物、真菌死亡残留物、沉香树组织残留物以及树液中的部分物质在沉香树的凝固因子作用下，与树的木质纤维凝结固化在了一起。这时，沉香树种就出现了一种由凝固的有机化合物才是沉香，而这个“树体受伤、真菌感染、感染扩散、树体抗感染、真菌代谢、产生芳香物质、被凝固、与木纤维一起形成混合物”的过程就是沉香的结香过程。