重庆高校数量不少，但是双一流大学并不多，仅有重庆大学和西南大学两所大学，其中，重庆大学是国家985、211重点大学，因此，重庆高校综合实力最强非重庆大学莫属。
1、重庆大学
重庆大学是教育部直属的全国重点大学，是全国39所985高校之一，是全国31所具有学位授权自主审核的高校之一，综合实力非常强。
学科建设，重庆大学拥有99个本科专业，其中，一级国家重点学科3个、二级国家重点学科19个，三个双一流学科，工程学、材料科学、化学、计算机科学、数学、临床医学、植物与动物科学等8个学科进入ESI全球排名前1％；最新学科评估中，机械工程、仪器科学与技术和电气工程获评A类，另外，机械工程及自动化、电气工程及自动化、建筑学和土木工程等专业都是重庆大学王牌专业，非常受考生青睐。
师资力量雄厚，重庆大学教职工高达5000余人，其中专任教师2900余人，博士生导师1000余人，中国工程院院士7人。
科研成果十分显著，重庆大学拥有国家级重点研究基地14个、国家级实验教学示范中心8个、其他省部级及各类研究基地高达180余个，承担国家各类项目达5400余项，荣获各种奖励300余项，国家级教学成果奖40余项。
人才培养方面，重庆大学培养出大批优秀人人才，2020年多名重庆大学校友被评为优秀企业家，另外为了培养新工科人才，重庆大学开设明月科创实验班，同时还加强了与华为等企业的合作，进行人才培养。
教学成果显著，近年来，重大学子在大学生各类竞赛中收获全国特等奖、一二三等奖达1300余项。
生源质量优质，重庆大学高考录取分数线比较高，重庆大学2020文理科最高录取分数线都在630分以上，其中重庆大学2020年重庆理科录取分数线为593分，文科录取分数线为609分。
虽然，重庆大学因为没有A+学科，一直被网友吐槽，但是整体来看，重庆大学实力依然非常强悍，而且正在加强学科建设。
2、西南大学
西南大学是一所省部共建大学，是国家211大学，拥有103个本科专业，与重庆大学相比，实力还是相差很多，不过这所大学实力也不错，重庆高校排名中仅次于重庆大学，而且学校面积非常大。
总的来说，重庆大学是重庆高校中实力最强的大学。