对于男性患者而言，服药对生育畸形胎儿几乎无影响。因为，男性成熟的生殖细胞精子几乎没有细胞质，即使服用较大剂量精神科药物也很难有药物分子进入精子的细胞质，当然不会对生殖活动有致畸作用。
男性服用精神科药物对生殖活动的影响体现在两方面：一是抑制性欲或影响射精，这在服用SSRIs或SNRIs类抗抑郁药物的患者较为明显。二是因药物影响代谢活动致血脂血糖异常以及肥胖后，使精液质量下降，造成男性不育问题。因此，男性患者服药期间的性活动导致配偶怀孕不增加畸形胎儿的风险。
女性应尽量避免在治疗期间生育对于女性而言，成熟的卵细胞体积较大——成熟卵泡的直径可达20mm。如果育龄期妇女服用某些小分子药物，可能会有微量药物进入到卵泡中，若该卵泡与精子结合形成受精卵后，卵泡内的药物也就构成了胚胎发育过程中首先接触到的内环境的一部分。因此，不主张在治疗期间怀孕，尽量在停药后再怀孕。抑郁症病人怀孕应有计划。意外怀孕导致抗抑郁治疗方案复杂化，对病人会造成不利影响。
在美国，没有一种抗抑郁药物通过美国食品药物管理局(FDA)的批准可用于孕妇。比如孕期服用三环类抗抑郁药物者，新生儿可出现肠梗阻、敏感、易激惹和癫痫发作。孕期服用新型抗抑郁药者，新生儿可出现适应困难、呼吸困难、喂养困难、易激惹等，但大多不严重，通常短期内会消失。
当然，女性孕期服用药物也并非一定致畸，甚至可能对胚胎神经系统形成和发育有正性影响：例如，近年国外进行的动物实验研究表明，胚胎期母鼠暴露于艾司西酞普兰，其胎儿在出生后面对应激时，焦虑反应会显著减轻，提示母孕期服用艾司西酞普兰对胎儿出生后面对应激时的焦虑情绪有抑制作用。
有些病人甚至医生担心抗抑郁药物对胎儿的影响，在孕期停用抗抑郁药物，仅用安定类药物替代治疗。他们认为安定类药物副作用小，对胎儿更安全些。其实这种替代治疗方案更不可取，因为大多数安定类药物对胎儿的影响比抗抑郁药物更大。
怀孕期间应尽量不服药，但如果孕妇患了抑郁症还能药物治疗吗?
妊娠期抑郁障碍多在孕期的前3个月与后3个月发生；妊娠期高达70%的女性出现抑郁症状，10-16%满足重性抑郁障碍的诊断标准。人们较多注意抗抑郁药给胎儿带来的影响，却忽视了孕妇抑郁障碍若不治疗所带来的危害。
目前已有研究发现孕妇的抑郁症状和早产、婴儿出生体重低有关。有抑郁障碍的孕妇常常食欲下降、体重减轻、失眠，这些都会影响胎儿。而且，已使用抗抑郁药的妇女在怀孕前后停药，会使她们面临很大的风险：有反复抑郁发作的妇女若停药准备怀孕，有70%在怀孕期的头3个月会复发。
严重抑郁障碍的孕妇还会有自伤自杀行为。所以，若孕妇抑郁症状严重，不宜轻率撤药，在决定是否接受药物治疗及如何治疗之前进行医患沟通十分重要。《中国抑郁障碍防治指南》（第二版）针对妊娠期抑郁障碍的治疗建议指出：通常来讲，症状较轻的患者给予健康教育、支持性心理治疗即可，如既往有过轻~中度发作，可给予认知行为的心理治疗和人际心理治疗。重度或有严重自杀倾向的患者可以考虑抗抑郁剂治疗，当前孕妇使用最多的抗抑郁剂是SSRI类，应尽可能单一药物并考虑患者既往治疗情况。对于药物治疗无效或不适合的重度、伴精神病性及高自杀风险的患者可选用MECT治疗。
还有些患者会担心自己把抑郁症遗传给下一代。许多研究都发现抑郁症的发生与遗传因素有较密切的关系，但抑郁症不属于遗传性疾病。据调查，抑郁症患者中有精神病家族史者可高达30%～41.8%，抑郁症患者的亲属中患抑郁症的概率远高于一般人，约为10-30倍，而且血缘关系越近，患病概率越高。
据国外的一份调查资料报道，抑郁症患者亲属中患抑郁症的概率为：一级亲属(父母、同胞、子女)为14%，二级亲属(伯、叔、姑、姨、舅、祖父母或孙子女、甥侄)为4.8%，三级亲属(堂、表兄妹)为3.6%。以上资料说明遗传因素对抑郁症的发生起肯定的作用，但这主要是指内因性抑郁症。至于其他抑郁，如反应性抑郁等，个性及环境因素等可能起更大作用。
是否遗传是由基因来决定，孕妇本人不能决定是否遗传。所以，与其担心抑郁症是否会遗传给下一代，还不如早治疗，早痊愈，自己有健康的心理，也让孩子在良好的环境里健康成长。