首先，从技术层面来说，根据前人研究预算会计与
政府会计虽然都是基于“政府”组织的会计系统，但二者之间具有根本的不同[1]。从会计目标上看，预算会计与政府预算保持高度一致，旨在反映预算的执行过程及其结果，满足政府预算管理对会计信息的需求，这一目标具有单一性和从属性。因此，我国预算会计的改革与发展几乎都只是围绕和满足政府预算管理方式、内容的变化而变化。如，近几年我国对现行预算会计制度的零星修补都是基于国库单一账户制度、部门预算管理、政府收支分类等各项新的财政预算管理举措而对预算
会计科目、会计报表进行的适当修正。因此，预算会计的改革速度和效率主要取决于财政预算管理的改革。相对预算会计而言，政府会计的目标更加多元，除了要满足政府预算管理对会计信息的需要以外，还要满足更为复杂的公共部门财务管理，如资产管理、债务管理、
成本管理[2]等对会计信息的需求，以及满足政府
绩效管理与评价，促进财政透明度和公共受托责任等。会计目标的不同决定了
会计核算内容也将有所不同，预算会计的核算焦点是预算的收支流量，而政府会计核算焦点不但包括流量还包括更多存量内容。此外，政府会计在目标上的多元化，致使其在改革中不能再只以政府预算为准绳和导向，且必然在改革过程中所受的约束条件更加复杂多样，因此进展也将缓慢。
其次，从制度层面来说，由于我国政府长期实行预算会计管理体制，与其相对应的是预算会计改革的决策机制与执行机制，这一套机制与目标单一且具有从属性的预算会计的改革发展相互匹配，但将难以适应目标更加多元的政府会计改革。长期以来，我国预算会计改革的主导权与政府预算管理权高度重叠，同属于
国家财政部，但分属部内的不同机构。如财政总预算会计、行政单位会计的管理权隶属于财政部国库司，而事业单位会计管理权则隶属于财政部会计司;政府预算管理权主要集中在预算司，而
国有资产管理、债务管理等财务管理权集中在部内其他不同的司局。由于政府会计在目标上的多元化，在改革预算会计建立政府会计体系时，要求须将现有的财政总预算会计、行政单位会计以及部分事业单位会计进行有机整合，并形成包含预算会计和财务会计两个系统的
双轨制政府会计模式，以满足不同目标[3]。然而，由于现行预算会计在管理权上的分散，有效有机整合将变得十分困难。而在无法进行有效整合并形成包含既相互独立又互相统一的预算会计和财务会计的政府会计模式的情况下，那么，增强政府会计在满足财务管理、绩效管理与评价、促进财政透明等会计目标时，必然会以损害其预算管理与控制目标为代价。