把你的问题换一种提法：日本人按汉语发音标注中国地名，而中国人也按汉语发音标注日本地名。是这个意思吗？
中国的地名在日语中确实绝大多数按照当事国的读音标注，只有极个别情况例外。比如北京（ペキンーpekin）、南京（ナンキンーnankin）、无锡（ムシャクーmushaku）、青岛（チントウーchintou）、天津（テンシンーtenshin）、上海（シャンハイーshanhai）、重庆（じゅうけいーjuukei）。这些读音有的很接近现在我们的读音，而有些则离普通话读音较远，但都属于日语中的音读。
日语里的音读有唐音、宋音、吴音之分，那些读起来同普通话不大一样的地名发音，其实也是当地人的发音，只不过是我们过去的某一个时代的发音而已。这些发音在普通话音系里虽然已经消失了，但却被日本完好地保存了下来。
有几个特例值得提一提。第一个是台湾的“高雄”，高雄一语是日本殖民台湾时赋予的，城市完全按照日本的建制而设，所以日本人将高雄训读为“たかおーtakao”。即使现在，高雄在日本人口里依然不是音读的“gaoxiong”或“こうゆうーkouyuu”之类，从一个小小的地名读音可以揣摩出日本人的殖民心态，揣摩出日本对失去台湾殖民统治的一丝不舍。
另一个需要提及的是西藏，日语中称西藏为“チベットーchibetto”，沿用了英、德、法、俄对西藏的称呼“Tibet”一词的音译，“Tibet”一般认为对应“吐蕃”一语。西藏早已划归中国版图，日本对西藏的称呼理应改为音读的Xizang或“さいぞう”“せいぞう”。遗憾的是他们好像对西藏的“チベット”（Tibet）一名情有独钟。我们国内的日语翻译者对该问题，亦大多或视而不见，或不置可否。说到底，同“高雄”一样，“チベット”的日文称呼里也不难看出日本对西藏地位的微妙的立场坚持。
最后再来说说日本地名的汉语标注问题。日本地名多借用汉字，因此即使按照汉字的发音，亦并不妨碍我们对日语汉字地名的认知。地名属于固定名词，专有名词，含义具有唯一性，对我们而言，直接用汉字本音标识日语地名，方便而快捷，根本没必要再按照日语的训读发音称呼他们的地名。比如“广岛”，我们叫“guangdao”方便呢？还是叫“hiroshima”方便？无疑还是前者。这就如美国的“旧金山”，恐怕没有几个人愿意称之为“圣弗朗西斯科”，即使有人如此称呼，大概也没有几个人能听懂。
不管是中国地名还是日本地名，都是依照自己国民最容易理解和接受的方式进行标注的。
就像日本对于外来语，例如香蕉之类的会取于英语相近读音片假名一样，我们的文字与他们的文字哪怕回溯到以前是同根的，但在历史的进展下，我们的文化又有很大差异，他们这种行为大概是为了保护自己的文化。
但我试想了一下，假如，日本把“北京”读作“きたきよう”的话，搞得我心里反倒不是很舒服了，毕竟对我来说北京就读“Bei jing”，他就是北京。而且就我们地名的汉字而言，在日本它都不一定存在。