1898年初，康有为联名上书要求推行新政，但是康有为非四品官，无权上书皇上。1月29日，康有为的奏折首次转呈光绪，光绪命令允许康有为随时上书。同日，康有为第六次上书。
2月，康第七次上书，再次建议皇帝效仿彼得大帝和明治天皇的改革，并且呈上他自己的著作《日本变政考》和《俄大彼得变政记》和其他有关各国改革的书籍。光绪连接康有为上书，便在此后每日阅读，加强了改革的决心。
6月10日，光绪令翁同龢起草《明定国是诏》，送呈慈禧审查，得到批准，于6月11日颁布《明定国是诏》，表明变革决心，变法由此开始。因1898年是戊戌年，故称“戊戌变法”。
6月16日，光绪首次召见康有为。康有为觐见光绪帝时，开宗明义说：“大清快要灭亡了。”光绪答这是保守官员所累。康有为说靠那些官员推动改革等如缘木求鱼，康有为用了大量的时间，力陈变革之必要。这是光绪与康有为首次也是唯一一次会面。数日后，光绪调任他为总理事务衙门章京行走，但是官位仅至六品，而康有为早于3年前已经是六品官。
随后，光绪又召见梁启超，并且仅委派其出任六品的办理译书局事务。梁启超获得任命后离开北京，没有再次参与新政。在整个变法的过程中，作为骨干成员的康有为与梁启超，各自仅见过光绪一次。