根据遗传物质的改变基础又将可遗传变异分成三类：
（一）基因突变：该类型的变异是基因内部结构改变造成的，多因DNA复制差错造成，包括能使生物产生性状改变的有义突变和不改变生物性状的无义突变。基因突变一般具备不定向性、普遍性、多害少利等特性。太空育种和辐射育种的遗传学原理就是基因突变，基因突变是生物变异的根本来源。
（二）
基因重组：由于控制不同性状的基因在
减数分裂时自由组合或
同源染色体间的非姐妹染色单体交互换造成，生物的变异多数由基因重组造成。农业上的杂交育种的遗传学原理应用的就是基因重组。
（三）染色体变异：由于基因主要位于染色体上，染色体的结构和数目发生变化必然会导致基因的数目及排列顺序发生变化，从而使生物发生变异，具体可分为染色体结构变异和染色体数目变异。在农业育种上，染色体数目变异应用较广，如整倍数目变异的异源八倍体小黑麦、
无籽西瓜等，自然界整倍数目变异的农作物较多，如四倍体的草莓、四倍体马铃薯三倍体香蕉、三倍体无籽桔柑等。