由于柑橘青霉病和绿霉病都是腐生真菌引起的病害，在病害防治方面，采收、加工和储藏等各个环节的卫生情况尤为重要。平常应搞好田间卫生，及时修剪病枝和腐朽枝条。第一，柑橘采收阶段是防治储藏期病害的关键，特别应注意果实卫生。采收不要在雨后或晨露未干时进行；采收用的果篮、果箱及运输用的车厢和储藏库，可用50%多菌灵或50%甲基硫菌灵（托布津）200～500倍液消毒。储藏库也可用10克/米3硫磺密闭熏蒸24小时。
第二，避免机械损伤。从采收的整个过程，直到搬运、分级挑选和包装打蜡等，应避免机械损伤，特别要避免拉果剪蒂、果柄留得过长及剪伤果皮。
第三，用药剂保护果实，可收到很好的防治效果。采果前1周喷洒70%甲基硫菌灵（甲基托布津）可湿性粉剂1000倍液或50%多菌灵可湿性粉剂2000倍液。拟储藏的果实，采收后1天内，及时用药液浸果。可用50%甲基硫菌灵（托布津）或多菌灵500～1000倍液、50%抑霉唑（万利得）乳油2000～2500倍液、45%咪鲜胺（扑霉灵）乳油2000～2500倍液、45%噻菌灵（特克多）悬浮液1000倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂500倍液等。如在上述每10千克药液中配入1克2，4-D，有促进果柄剪口迅速愈合、保持果蒂新鲜的作用。此外，下列药剂亦可选用：15%多效唑可湿性粉剂5×10-4溶液、16.5%绿色南方400～800倍液、40%双胍辛胺乙酸盐（百可得）可湿性粉剂2000倍液、咪鲜胺·氯化锰（施保功）1000～2000倍液。
第四，储藏时保持适当的温、湿度，可控制病害的发展。甜橙1～3℃，温州蜜柑和椪柑7～11℃，相对湿度80%～85%，为较好的储藏条件，同时注意换气。