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后面我还给你找了柯兰的温馨镜头
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’。秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目：黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一
也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
线索2：
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
下面是柯南
水平线上的阴谋
兰被困在即将被海浪吞没的船舱中渐渐失去意识，这时她想起很多年前自己也像现在一样被困住、非常害怕的时候，那时的新一却轻而易举地找到了她。“你会找到我的吧，新一！”兰静静地想着。与此同时，柯南也在尽全力寻找兰，看到柯南在甲板上奔跑的执著的身影和他坚定的话：“我一定会找到你的！”就凭着这种坚定和执著，使得兰再一次脱险。还有柯南在解决案件后依然缠绕在心里的烦躁不安，因为兰正面临着危险，柯南收回了就要踏上救生艇的那一步，轻轻地问道：“兰，兰姐姐呢？”这才得知兰还未脱险。新一和兰心灵之间的默契再一次感动了我。
迷宫的十字路口
看了这一集才知道，原来新一很小的时候就喜欢兰了。
两人终于见面了，兰看到新一满头大汗，轻轻的为他擦着额头，新一用麻醉枪让兰睡着了：对不起，兰，我现在还是不能跟你……
最后还有一个由搞笑又温馨的事，柯南不想让兰这么难过，故意把一罐饮料喷得自己满脸都是。
银翼的奇术师
基德假扮的新一与兰约会，柯南担心兰的安危，也吃了很多醋；兰向新一表白，柯南的样子好可爱呢。
贝克街的亡灵
兰想起了新一说过的话：如果能够确实得让你毁灭，为了公众的利益，我很乐意接受死亡。
接着她决定为了救所有人而跳下火车：来生再见了，柯南！
柯南：难道说……
兰：对不起，不能陪你到最后……
柯南：不要，兰……
兰跳下火车，脸上依然带着凄美的笑容：因为我相信你，柯南。
当柯南看到兰跳下火车整个人都好象要崩溃了，因为镜片反光，我看不清他的表情，应该是很伤心的吧。他都没有办法继续玩这场以生命作为代价的游戏了。
瞳孔中的暗杀者
兰失忆了，凶手把兰推下铁轨，而一辆地铁正向这儿驶来，兰吓呆了，柯南想都没想立刻跳下月台，把兰拖出轨道，柯南为了救兰真得可以连命都不要啊。（一个人的潜意识最能反映这个人内心的真实想法）
兰问柯南新一是个怎样的人，柯南愣了一下，镇重地说道：我想他应该是一个把你放在第一位，又不知道怎样用语言来表达的人吧。（这算是一种非正式的表白吗？）
凶手要追杀兰，柯南拼命保护兰，失忆的兰问柯南为何拼命保护自己，柯南&新一说：我喜欢你，我比地球上任何一个人都喜欢你！（这一次是正式的表白了吧）
朝向天国的倒数计时
兰抱着柯南要跳下去以逃离建筑，柯南问她怕不怕。
兰：我当然怕了，从那么高的地方跳下去，不过现在有你在我身边，况且新一也说过要我等他回来，我一定要活着等他回来。
新一&柯南很震撼：没问题的，我非常了解你现在的心情。
第十四个目标
大家逃出水面时，柯南第一个发现兰不见了，他潜下水去救兰，自己也被车子卡住了，兰用最后一口气在水中给柯南做了人工呼吸，在这次中，两人都差点淹死。
后来歹徒劫持了兰，要柯南把手枪给他，柯南拿起了枪，想起了当年的小五郎，原来叔叔开枪射阿姨，是因为……柯南感到一阵天旋地转，他把枪对准了歹徒。“砰！”子弹射出了，打中了兰的腿。（新一是故意射兰的，因为腿受伤的人质对犯人来说是个拖累，他想救兰。）这一枪虽然打在兰身上，我想同时也打在了新一心上，为了救自己心爱的人，而向她开枪，需要多么大的勇气啊。
世纪末的魔术师
犯人想杀兰，被柯南发现，他奋不顾身的扑向兰，子弹打在他们旁边，要是犯人再打准一点，新一的小命就没了。
兰基本已确定柯南就是新一，流着泪问柯南：你和新一是不同的人，对不对？告诉我，对不对？
要不是基德的解围，看着心爱的人这么伤心，柯南一定会将所有的事告诉兰。
计时引爆摩天楼
兰问新一喜欢红色还是绿色，新一说喜欢红色，兰很高兴：我就猜你喜欢红色。新一心想：因为红色是你喜欢的颜色嘛。（看不出新一还挺细心的……）
新一与兰虽然一门之隔，隔得了视线，隔不了他们之间悠悠的情愫，兰在拆炸弹，如果兰真的躲不过的话，新一也会陪着兰：不能同生就同死。
参考资料：http://zhidao.baidu.com/question/86123229.html?si=1