法律分析：不一样。主要区别在投保对象不同。新生儿医保是城镇居民医保，主要针对城镇户籍的居民，并且只能在户籍当地参保，由人社部门管理。农村合作医疗的参保对象是农村户籍居民，新农合医保是由卫生部门管理。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。