农村土地确权纠纷的主要问题有：
1、承包面积小于实际种植面积；
2、承包地被依法征用；
3、无法复垦的承包地；
4、被公益事业占用的承包地；
5、进行土地调整的承包地；
6、因子女结婚分户的承包农户；
7、因离婚分户的承包户；
8、人员变动的情况的承包户；
9、主动放弃二轮承包经营权的承包户；
11、不符合分田条件的农户；
12、有家庭人员死亡的承包户；
13、代种他人承包地的承包户；
14、已承包到户集体土地；
15、采取方式流转承包地的承包户；
16、进行综合整治的土地；
17、出现历史遗留纠纷的土地。
【法律依据】
《土地管理法》第八条，农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于，农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理。