劳动合同上约定工资每月只发一半剩下的年终一起发，如果每月发放的工资达到了当地的最低工资要求就是有效的。如果，并没有达到当地规定的最低工资标准，就是不合法的，就属于克扣员工工资的行为了，可以协商、起诉或者申请劳动仲裁。
法律分析
劳动合同上约定工资每月只发一半剩下的年终一起发，每月发放的工资需要达到当地规定的最低工资标准，如果没有达到可能会涉嫌随意克扣员工工资。克扣工资指企业无正当理由扣减员工应得工资，即在员工已提供正常劳动的前提下企业按劳动合同规定的标准应当支付给员工的全部劳动报酬。但不包括以下减发工资的情况：国家的法律、法规中有明确规定的；依法签订的劳动合同中有明确规定的；用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的；企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的（但支付给劳动者工资不得低于当地最低工资标准）；因劳动者请事假等相应减发工资等。遇到这种情况时可以：到劳动行政部门举报（通常是劳动管理监察大队）；也可以直接申请仲裁（仲裁费用200-300元，如果胜了全部由公司负担）；如果对仲裁结果不满意可以在拿到仲裁书后15天之内到法院起诉；根据国家规定在仲裁或诉讼的时候，可以要求除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
法律依据
《中华人民共和国劳动法》
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
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