体液免疫和细胞免疫两者在清除物质、免疫细胞和免疫原理上都有所不同。具体如下：
1、清除物质不同
细胞免疫清除的是寄主细胞内寄生的微生物，而体液免疫清除的是游离在在寄主细胞外的抗原及其产生的有毒物质。
2、负责免疫的细胞不同
负责细胞免疫的细胞是T细胞，负责体液免疫的细胞是B细胞。
3、免疫原理不同
细胞免疫的原理是当T细胞受到抗原刺激后，分化、增殖、转化为致敏T细胞，当相同抗原再次进入机体，致敏T细胞对抗原的直接杀伤作用及致敏T细胞所释放的细胞因子的协同杀伤作用。其免疫源一般为寄生原生动物、真菌、外来的细胞团块。
体液免疫的原理是B淋巴细胞的BCR直接与抗原结合。体液免疫的抗原多为相对分子质量在10,000以上的蛋白质和多糖大分子，病毒颗粒和细菌表面都带有不同的抗原从而引起引起体液免疫。
在特异性免疫反应中，体液免疫和细胞免疫既各自有独特的作用，同时又可以相互配合，共同发挥免疫效应。两者有一定的联系：
病毒感染过程中，往往是先通过体液免疫来阻止病毒在机体内传播，若病毒已经侵染到寄主细胞中，就要通过细胞免疫.这是效应T细胞与靶细胞结合，使靶细胞通透性改变，渗透压发生变化，最终导致靶细胞破裂死亡。
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