母河豚的生殖腺——卵巢含有剧烈的毒性，是河豚全身毒素最强的部位之一，公河豚的生殖腺——睾丸是微毒或无毒，卵巢和睾丸都是长圆形，在腹腔后部、肛门附近。在生殖期间很好辨认，睾丸为乳白色，卵巢为浅黄色，横断切面，睾丸呈白乳糜状，而卵巢则呈颗粒状，但秋后因生殖期已过，卵巢与睾丸皆呈萎缩，二者间较难辨别，因此食用河豚时最好将生殖器去除。
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河豚的肝脏是一个较大，而且呈纵长的器官，长在河豚腹腔右侧，上面是一个膨大的胃，下面是肛门，外观是灰褐色的，在肝脏的内侧有绿色的胆囊。
肝脏是河豚全身毒性最强的部分，吃河豚时需要特别仔细，在食用前摘除干净最好。
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河豚的胃非常大，遇到危险后胃部会吸入大量的水或者空气，使其膨大，在胃的下面是肠道，河豚肠在腹腔内作二回转折就是肛门，河豚的胃部和肠道也是有毒的部位，但是它们的毒性比卵巢和肝脏要小得多。
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河豚肌肉是全身毒性最小的部位，甚至可以说是无毒，但新鲜河豚死后，河豚内脏的毒素会溶在体液里面，时间一长，就会渗透到肌肉里面，因此需要特别注意。特别是在做鱼片（鱼生）时，需要用2～5%碱液浸洗，食用时会更加安全。