微型潜水泵，特别是无刷直流磁力驱动泵的工作原理相当巧妙。它的核心部分是将磁铁与叶轮注塑成一体，形成电机的转子。转子内部有一个直接注塑的轴套，这个轴套通过高性能陶瓷轴牢固地安装在泵体中，确保了电机的稳定运行。电机的定子则与电路板部分紧密相连，两者之间使用环氧树脂胶进行灌封，形成一个完全密封的结构，无需机械轴封，从而达到极高的密封性能。
电机的运作依赖于矽钢片上的线圈通电产生的磁场，这个磁场驱动永磁磁铁，实现旋转。通过对磁体进行偶数级的充磁，磁体之间的磁力系统形成一个完整的耦合，磁能的变化与磁极间的位移角密切相关。当磁极异极相对（即位移角为0或2π/n）时，磁能达到最低或最高。磁体在磁力作用下产生运动，驱动磁转子持续旋转。
无刷直流磁力隔离泵的一大创新在于电子换向技术，无需碳刷，磁体转子和定子的磁场多级变化，保证转子始终保持同级排斥，从而实现高转速和高效率。这种设计显著提升了泵的性能，避免了传统电机式无刷直流水泵可能出现的液体泄漏问题。
磁力隔离泵的结构特性使其特别适合潜水应用，具有优良的防水性能，这显著延长了泵的使用寿命和提升了整体性能。无论是从工作原理还是实际应用来看，微型无刷直流潜水泵都展现出高效、耐用的优势。
微型潜水泵又叫微型舱底泵(bilge pump)，属于水泵的一种。 水泵（shuǐ bèng，water pump）的定义：通常把提升液体、输送液体或使液体增加压力 , 即把原动机的机械能变为液体能量从而达到抽送液体目的的机器统称为泵。