三者主要是存在定义上的区别：
一、思想
思想是思维活动的结果。属于理性认识，也称“观念”。人们的社会存在，决定人们的思想。一切根据和符合于客观事实的思想是正确的思想，它对客观事物的发展起促进作用；反之，则是错误的思想，它对客观事物的发展起阻碍作用。如：毛泽东思想。
二、主义
1、谨守仁义。
2、对事情的主张。
3、犹主旨，主体。
4、以解释词义为主。
5、形成系统的理论学说或思想体系。
6、一定的社会制度或政治经济体系。
7、思想作风。
如：马克思列宁主义。
三、理论
1、指人们由实践概括出来的关于自然界和社会的知识的有系统的结论。
2、辩论是非；争论；讲理
如：邓小平理论。
扩展资料
1、毛泽东论思想
毛泽东在《人的正确思想是从那里来的？》一文中说：“无数客观外界的现象通过人的眼、耳、鼻、舌、身这五个官能反映到自己的头脑中来，开始是感性认识。这种感性认识的材料积累多了，就会产生一个飞跃，变成了理性认识，这就是思想。”
思想可以表现为通过概念的联系，概括地说明现象的本质和规律的理论原理，也可以表现为观点的综合的理论体系。思想是在实践的基础上对客观存在的反映，这种反映是否正确又要通过实践检验。
凡是经过实践检验证明符合客观实际的思想是正确的思想，不符合实际的思想是错误的思想。思想对客观现实的发展有强大的反作用，正确的思想一旦为群众所掌握，就会变成改造世界的巨大物质力量。
2、主义的基本含义
最高理想和准则
某某主义指以某某为最高理想和准则的思想体系。比如拜金主义是把追求金钱作为最高理想和基本原则，一切活动都是为了金钱；极权主义是把追求权力的最大化作为最高准则。
自由主义是把人的自由作为最高理想和准则的思想体系；社会主义是把社会团体的价值和利益作为最高理想和准则的思想体系。
马列主义就是把马列理论作为最高理想和行为原则；无政府主义就是把无政府状态作为最高理想和行为原则。
3、理论
理论是指人们关于事物知识的理解和论述。
理论是指由若干人（一人往往不能）在长期内（数年或数十年，一年半载等短期不行）所形成的具有一定专业知识的智力成果（分领域）。
该智力成果在全世界范围内，或至少在一个国家范围内具有普遍适用性，即对人们的行为（生产、生活、思想等）具有指导作用。
例如公平理论、正义理论等；列宁理论、邓小平理论等；哲学理论、经济理论、法律理论、教育理论、理学理论、工学理论、医学理论、农学理论、管理理论、军事理论等。
参考资料来源：百度百科-思想
参考资料来源：百度百科-主义
参考资料来源：百度百科-理论
再者，如果非要区别的话，我想，主义、思想、理论逐渐的接近具体时代或时期以及国情，可以说，在范畴上“渐渐小而强”。本回答被提问者采纳
主义是某种特定的思想、宗旨、学说体系或理论.
理论，又称学说或学说理论，指人类对自然、社会现象，按照已有的实证知识、经验、 事实、法则、认知以及经过验证的假说，经由一般化与演绎推理等等 .