清初成村。有别庄、彭庄2个自然村。彭庄：以姓名村，因其小，当地人通称“小彭庄”。别庄：因别姓人家首居此地，故名。原属顺义县。抗日战争时期，这里是三河、顺义、平谷、密云四县交界处，曾先后隶属过五个抗日联合县，是开辟较早的抗日地区。1949年4月划属顺义县第三区。
1941年农历五月初三夜，冀东八路军十三团夜袭别庄据点，全歼伪警备队二百多人。
1944年4月，区小队组织并掩护一百多名民工从挖“治安壕”工地逃走。同年6月，八路军主力十三团拔除别庄敌据点。
别庄村位于杨镇东北部，现有住户183户，人口406人，耕地1498亩。
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别庄村附近有奥林匹克水上公园、焦庄户地道战遗址、北京国际鲜花港、汉石桥湿地自然保护区、森鑫森林公园等旅游景点，有万绿宝酸萝卜、蜂糕、鑫双河樱桃、炒肝儿、羊羯子等特产。