务川自治县民族事务局内设三个主要部门，分别为办公室、民族事务股和宗教事务股，各自承担特定职能：
1. 办公室：负责综合协调机关政务，包括人事、劳资、退休人员管理，以及文电、信息、档案、保密、财务、信访等事务。它还处理与人大代表和政协委员的提案相关工作，组织接待少数民族和宗教界人士，并协助培训相关工作队伍。此外，办公室还参与民族宗教工作相关职责的协调推动。
2. 民族事务股：主要负责民族事务的政策制定和执行监督，进行民族政策法规宣传，参与民族问题调查并提出建议。股室负责民族地区发展规划的实施检查，进行经济发展统计分析，管理民族项目和经费，指导民族贸易等工作。此外，股室还关注民族地区的教育、文化、科技等社会事业发展，以及维护民族权益和民族团结工作。
3. 宗教事务股：专注于宗教法规的实施监督，进行宗教政策宣传教育。股室管理全县佛教、道教、天主教、基督教和伊斯兰教事务，指导宗教团体的活动，监督财务，并与宗教界保持联系。它还负责宗教行政许可事项的初审、外事管理和宗教涉外事务处理。宗教事务股还负责处理宗教相关突发事件和社会稳定问题，以及管理五大宗教以外的宗教事务。