在进行卫生部甲类大型医用设备集中采购工作时，招标代理机构的遴选工作至关重要。按照第五章的规定，遴选过程需遵循公开、公平、公正和择优的原则。
第二十九条强调，遴选工作需综合考虑招标代理机构的资质，如法人单位的独立性，以及机电产品国际招标代理、政府采购代理和中央投资项目招标代理等甲级资质。此外，机构的信誉、专业水平和社会评价也是决定因素。
第三十二条列出基本条件，招标代理机构需具备甲级资质，且可能根据项目需求具备特定条件。遴选过程具体包括：编制遴选文件，邀请候选机构，提交申请和相关文件，进行资格审查和现场考察，由遴选小组进行评审和综合评价，最终确定并签订委托协议。
第三十四条规定，代理机构一般每年进行一次遴选，表现出色且无投诉的机构可延续服务。然而，服务费收取有严格规定，仅按国家规定和委托协议执行，不得额外收费。
对于无需招标代理参与的项目，工作费用的来源由领导小组决定。总的来说，招标代理机构的职责明确，遴选程序严谨，以确保集中采购工作的顺利进行。
2012年8月7日，卫生部办公厅以卫办规财发〔2012〕96号印发《甲类大型医用设备集中采购工作规范（试行）》。该《工作规范》分总则、组织管理、当事人、采购方式、招标代理机构遴选、集中采购准备工作、实施程序与要求、专家管理、质疑与投诉、监督检查、附则11章77条，自印发之日起施行。