医疗机构药品集中采购工作规范强调了省级政府在这一过程中的核心角色。首先，各省份需成立由卫生、纠风、发展改革（物价）、财政、监察、工商行政管理、食品药品监督管理等部门组成的药品集中采购工作领导机构，设立非营利性采购平台（第九条）。
领导机构由分管领导牵头，负责制定实施计划，监督执行，并解决重大问题，确保各部门按照职责开展工作（第十条）。卫生行政部门具体负责组织药品采购，包括品种、规格和数量的汇总，并监督医疗机构执行采购结果（第十一条）。
纠风、监察部门负责对采购过程的监督，接收举报并处理违规行为（第十二条）。价格管理部门审核药品价格，工商行政管理部门则核实企业信息并处理不正当竞争（第十三条和第十四条）。食品药品监督管理部门对药品质量和企业资质进行审核，强化对低于成本投标药品的质量检查（第十五条）。
财政部门负责提供必要的工作经费（第十六条）。工作管理机构设在卫生行政部门，负责规则制定、组织协调、监督等任务，包括编制采购目录、审核采购文件和结果，以及指导市（地）级工作（第十七条）。
药品集中采购工作机构具体执行采购工作，负责文件编制、企业资质审核、合同签订等，同时负责平台的技术管理和相关服务（第十八条）。
所有采购活动都在政府非营利平台进行，确保数据完整、监管严格，并具备公示、评价、信息查询等核心功能（第十九条和第二十条）。市（地）和县级政府则负责本地的药品采购管理和监督（第二十一条）。
为进一步规范药品集中采购工作，明确药品集中采购当事人的行为规范，依据有关法律法规制定。由卫生部 、国务院纠风办、国家发展和改革委员会、监察部 、财政部 、国家工商总局、国家食品药品监督管理局联合发布实施。共计十二章八十四条。