南京医科大学第二附属医院坐落在南京市中心的历史文化区域，具体位于挹江门明城墙脚下，周边环境优美如画。医院四周环绕着青翠的山峦，湖光潋滟的湖畔是小桃园，为患者提供了宁静宜人的休憩之地。从医院可以远眺雄伟的长江大桥和古色古香的阅江楼，尽享城市与自然的和谐交融。
步行或驾车，医院附近有许多值得游览的景点，如近在咫尺的狮子山，历史悠久的明城墙，以及挹江门，每一处都散发出浓厚的历史气息。地理位置优越，交通极其便利，医院紧邻下关外滩，南京西站，以及中山码头，为患者和家属提供了方便快捷的出行方式。
医院周边的公共交通发达，57路和149路公交车直接连接到医院，无论是本地居民还是外地来访者，都能轻松抵达。这样的地理位置不仅让患者在就医过程中享受到舒适的环境，也使得医疗服务更加便捷高效。
南京医科大学第二附属医院（南京医科大学附属儿童医院、江苏省第二红十字医院）是一所省属三级综合性医院，是南京医科大学临床教学基地，南京医科大学第二临床医学院亦设在该院。