1. 两个句子语法都正确，意思稍有不同。前一个句子，表面上的意思是“你为什么要做你现在正在做的这件事情”，但是在实际情况中，可以灵活地翻译为“你这是在干嘛！”“你这是何必呢？”等等。比如说，某人在教室的桌子上乱涂乱画，旁边的人看到了，便愤怒地质问TA：“Why are you doing it?” 虽然问的是“why”，但实际上问的人并不关心为什么，只是对这个人的行为很愤怒，相当于中文的“你这是在干嘛！”，同理，这个句子在其他的情境下有其他的意思。后一个句子，跟前一个句子不同的地方在于，它关注一个人经常性的行为，而不是现在正在进行的行为，比如说，某个人每天都在给图书馆做义务清洁，一段时间以后，TA的好朋友终于忍不住问TA：“Why do you do it?”意思就是“你为什么这么做？”。
2. 都是正确的。why you used it / why you use it 不是完整的句子，只是短语；why do you use it? 是完整的句子。如果要提问，就用后面这个句子。why you used it / why you use it 可以用在句子中作为一个部分，比如：“I don't know why you used it.” 意为“我不知道你为何使用它。”
3. be后面可以加[1]名词、[2]代词、[3]数词、[4]形容词。分别举例如下：[1] It is a book. [2] It's me. [3] The answer is 5. [4] That is big. 对句子用一般疑问句进行提问 和 进行否定变化的时候要用到助动词do，例如句子：You like apples. 一般疑问句：Do you like apples? 否定句：You do not like apples. *另外一种特殊的情形是，表示强调做某个动作时，在动词前面加do. 例如：I do like it. 意为“我确实喜欢它”。
追问那么i don't know why you used it还是i don't know why did you use it?貌似2个都很像对的
追答I don't know why you used it是正确的；I don't know why did you use it? 这一句是错误的。这是一个用连接副词why引导的名词性从句，后者把两个句子（否定陈述句+特殊疑问句）杂糅在一起了。名词性从句不能作为独立的句子存在，如前一句中的“why you used it”。名词性从句有自己的主语（you）和动词（used）。