五棵树交通便利，铁路、公路、水路四通八达。
铁路 陶舒铁路（陶榆铁路、榆舒铁路）从区内通过，并设有五棵树站、刘家店站两个站点，均为四等车站；有4305/4308、4306/4307、4231、4232四个固定车次通过，节假日K7461、K7462两个临时车次通过。
公路 榆陶一级公路贯穿全境与102国道相接，城区距京哈高速公路仅16公里；西南距长春市区131公里，北距哈尔滨市区约120公里，东距榆树市区32公里。境内榆五公路连接榆树市区与五棵树镇区，途径闵家镇镇区、刘家镇镇区。将要修建的五科高速公路（五常市——科尔沁右翼中旗）也规划五棵树支线。本区建有三级五棵树公路客运站，有多趟客车通往周边城镇乡村。
航空
五棵树距哈尔滨太平国际机场、长春龙嘉国际机场仅1小时左右车程。
水运 五棵树距大连出海港的车程不超过7小时，铁路上有专用货运列车直达大连港码头；距城区1.5公里的第二松花江沿境而过，在本区设有五棵树码头，并且正在进行河道清理，正式通航后，水运可上溯吉林市、下抵哈尔滨、佳木斯，直至俄罗斯哈巴罗夫斯克。
街路
开发区主要街路全部建成柏油路，五棵树大街、东风大街、东进街等街路为主城区的架构。村与村之间建成水泥路，百分之百实现了晴雨村村通。
公交 五棵树城区现已开通公交车3路。其中1路车南起江边，北达吉粮公司，为最长运营线路。1路：
上行：
江边→南校→调味厂→镇政府→公安分局→仿古大门→客运站→医院→二中广场→北道线→粮库→榆陶道口→中粮→吉粮
下行：
吉粮→中粮→榆陶道口→粮库→北道线→二中广场→医院→客运站→仿古大门→公安分局→镇政府→调味厂→南校→江边 开发区地势平坦，土质肥沃。整个开发区拥有138万亩耕地，均以深层黑钙土为主，有机质含量丰富，表层土壤腐殖质含量3%，富含多种微量元素，质地粘重，结构良好，属于高肥力土壤，适合农作物生长。
地形属冲洪积湖积地平原区，微有波状起伏。
地貌类型为剥蚀堆积地貌和堆积地貌。 地下水
属第四纪孔隙富水区，微波状岗地承压水，单井出水量80～100立方米/时。水质优良，经吉林省水文勘测设计院检测，符合饮用及工农业生产用水标准，是吉林省最好的水质区。
地表水
开发区地处第二松花江之滨，江水自东南流向西北，距城区1500米左右，年平均流量为1.5×1010立方米，榆树市每年匹配44个流量，11个流量未使用。
水质报告
吉林省长春五棵树经济开发区所在位置污染物排放水体：松花江为Ⅲ类水体。
（1）如废水直接排入松花江水体，废水排放标准执行GB8978—1996《污水综合排放标准》中的一级排放标准：
CODcr: 100㎎/L; BOD5 : 20㎎/L;SS: 70㎎/L; NH3、N：15㎎/L
（2）如废水排入城市下水管网时，废水排放标准执行CJ3082－1999《污水排放城市下水道水质排放标准》中的水质排放标准：
CODcr: 500㎎/L;BOD5 : 300㎎/L; SS:400㎎/L; NH3、N：35㎎/L
