1》拿到拿不到没什么关系；
2》真没有协议书，找到合适的单位，签劳动合同是一样的。
首先你要明白，协议书的性质是和劳动合同一致的，协议书的作用只是对于学校来说多了一个统计就业率的作用。
所以协议书就是一张附加了统计就业率的劳动合同而已；
而至于你新找的合适单位，直接签订劳动合同，一样可以保证你的劳动权益；
如果你觉得不保险，你甚至可以用手上或者同学的就业协议书作为草稿来起草劳动合同。话说回来，就算用学校发下的就业协议书签订就业协议，如果有争执，学校也起不到很大的“保护”作用，原因…你懂的。
另外，签订劳动合同时，最好读一下《新劳动合同法》，不长，就几页纸，通俗易懂，基本有什么问题或者担心，新劳动合同法都能在你签订劳动合同时提供修改的建议和依据。
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和报到证没啥关系，档案更是不要紧；具体你可以问问你学校的辅导员。另外档案是学籍档案，工作之后是人事档案（除非你进入公务员性质的单位需要学籍证明），档案落到哪里还要自己拿主意，我是把档案发回老家的人才市场挂着了。
参考资料：过来人。