万历与群臣的立储之争的本质是权力之争，是皇权和臣权之争。
明朝初期的朱元璋和朱棣是两位不拿大臣当人的皇帝，对于所有臣子动辄杀戮打骂，像很多老臣重臣都受到过当众打屁股的刑罚，大臣活的十分屈辱。再加上厂卫制度盛行，大臣上朝都要留好遗书，说不定哪天出了家门就回不来了。可以说臣权被压制到极点，皇权没有任何制约。
但经过土木之变、夺门之变皇权更替出了问题，使得皇权大降、臣权上升。到了明武宗朱厚照死后无子，明世宗朱厚熜被大臣们拥戴为新帝，从这开始权臣秉正几乎成了常态，皇权式微，虽有帝王短时间扫除权臣，但大臣们一旦联合已经能抗衡皇帝了，朱家子孙再也不能像朱元璋一样想做什么就做什么了。
咱们再来看看万历。1572年，明穆宗因中风突然驾崩，年仅九岁的皇太子朱翊钧继位，改元万历，因为年幼朝政大权掌握在权臣张居正手里。所以有意思的一幕出现了，张居正的生活奢侈无度，而万历皇帝却被要求生活节俭，可以说幼年的万历一直活在权臣的阴影下。
1582年张居正病逝，万历因为刚刚掌握朝政不得不给予了很高的礼遇。到了1584年万历已经基本掌控朝政，开始对张居正进行清算，称其无视皇帝权威，钳制言官，擅权乱政。张居正一家被抄家，老弱妇孺因为来不及退出被封闭于张府，饿死十余口。
万历亲政后清算权臣张居正，励精图治主持了著名的“万历三大征”，文治武功赶追朱元璋和朱棣，可以说是明朝中后期少见的强势皇帝，但就是这种情况下万历受到了重大打击，就是旷日持久的“国本之争”。
当时正是万历最意气风发的时候，觉得自己已经掌握了朝政大权，再也没人能反对自己，想立谁当太子就能立谁，但群臣的集体反对给了皇帝一个响亮的耳光，皇权再也不是没有制约的了。
国本之争，使得万历灰心丧气，他感到自己虽贵为天子，而终被群臣所制，最终和大臣闹掰，逐步对朝政失去兴趣，开始怠政。