农村集体土地使用证和国有土地使用证在拆迁时的区别如下：
1、所适用的管理办法不同。
集体土地的土地征收适用的是土地管理法征收集体土地的办法，具体标准由各省政府制定的征地统一年产值标准和征地区片综合地价执行。
国有土地的土地征收适用国有土地上房屋征收与补偿条例，对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。
2、付出的成本不同。
集体土地使用权是村民自治组织内部成员就可获得，而获得国有土地使用权证需缴纳土地出让金向国家购买使用权才能获得。
3、补偿标准不同。
集体土地上房屋的征收一般采取重置成本进行补偿，实践中各地普遍根据房屋的性质、结构、使用期限等因素确定具体的补偿标准。国有土地上的房屋征收补偿则采取由评估机构评估的市场价格进行补偿。
4、权利人救济渠道不同。
《土地管理法实施条例》第25条规定，集体土地征收时，“对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调;协调不成的，由批准征收土地的人民政府裁决。
征地补偿、安置争议不影响征收土地方案的实施。”采取裁决的方式解决补偿纠纷。而国有土地上房屋征收时，按《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，“被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。”
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国土地管理法
参考资料来源：百度百科-集体土地
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