法律分析：1, 针对对象不同。食品小经营店备案证是各地针对“三小”即食品小作坊、小经营店和小摊点；食品经营许可证针对所有食品行业领域生产经营活动。
2, 适用法律法规不同。食品小经营店备案证只适用各地方制定法规，食品经营许可证适用《餐饮服务许可管理办法》，为国家法律法规。
3, 扮演身份不同。小作坊、小经营店和小摊点基本上无固定法定地点，多数为无工商营业执照，食品小经营店备案证扮演“临时身份证”角色；食品经营许可证只是行业经营许可凭证。
法律依据：《中华人民共和国食品安全法》
第三条 食品安全工作实行预防为主、风险管理、全程控制、社会共治，建立科学、严格的监督管理制度。
第四条 食品生产经营者对其生产经营食品的安全负责。食品生产经营者应当依照法律、法规和食品安全标准从事生产经营活动，保证食品安全，诚信自律，对社会和公众负责，接受社会监督，承担社会责任。
第五条 国务院设立食品安全委员会，其职责由国务院规定。国务院食品药品监督管理部门依照本法和国务院规定的职责，对食品生产经营活动实施监督管理。国务院卫生行政部门依照本法和国务院规定的职责，组织开展食品安全风险监测和风险评估，会同国务院食品药品监督管理部门制定并公布食品安全国家标准。国务院其他有关部门依照本法和国务院规定的职责，承担有关食品安全工作。