建议选择澳门大学。
首先从学校来看，澳门大学是澳门地区最好的大学，科技大学毕竟是私立的。
其次，澳门大学中华医药研究院专业实力非常好，算澳门大学比较有名的专业，而且有众多来自两岸三地的学者在此执教。特别是研究生培养，硕士博士都很优秀，以前我在澳大读书的时候，认识几个博士都非常优秀，常出国交流。不仅研究硬件好，而且对研究生津贴很多，基本上无后顾之忧。
再者，澳门大学读研究生可以申请奖学金（大部份硕士和全部博士都能申请成功），奖学金一年10多万，免学费。
当然，科技大学有个附属医院，可能实习起来不错。
不过，就内地认知度而言，澳门高等教育整体实力比较弱，还是有待进一步发展的。但就这两所学校而言，澳门大学的名声可能更大一点吧。
追问可是，澳大的招生计划里没有中医学，只有中药学~~科大有！他们的医学差距大吗？我指研究生方面~另外假设我读澳大的中药学之后可以转专业吗？
追答中藥學是很大的學科範疇，裏面有分很多具體的研究項目的，比如有中藥標準化、中藥成份分析等等，看你的興趣和當年的研究項目吧。
樓上是不是想當中醫師？嚴格意義上說，澳門沒有醫學院，所以要想取得執業醫師資格（包括中醫）還是需要相應的文憑的。澳大側重理論研究，科大側重實踐臨床。如果就研究水平和就業前景，兩者差距不言而喻。另外，澳門最近一直想在珠海橫琴發展中醫藥產業，相信屆時澳門大學畢業生又多了一個選擇。澳門大學研究生不能轉專業，如果有要求好像要重新申請。