它们在拜占廷的教育事业中占据着重要地位，缺一不可。教会学校由教会和修道院主办，办学的主要目的是培养教会神职人员的后备力量。拜占廷修道院学校办学方式和西欧修道院完全不同，是专门为立志终生为僧的人开办的，因此，其教学内容非常单一，只学习语言、圣经和圣徒传记。国立大学和普通学校是拜占廷教育的主要基地，对所有人开放，其教授由国家任命并发放薪俸。国立大学的课程在7世纪以前不受任何限制，非基督教的知识也可以教授，学校的拉丁语教授多来自罗马和北非，医学和自然科学教授多来自亚历山大，哲学教授来自雅典。查士丁尼一世时期，为了加强教育控制，对全国学校进行整顿，采取了取消除君士坦丁堡、罗马和贝利图斯以外的法律学校，关闭雅典学院，停发许多国立学校教师薪俸等措施，基础教育的责任就落在了私塾和普通学校的身上。7世纪以后的许多著名学者都是在私塾中完成基础教育，然后进入修道院接受高等教育。很多学者学成之后，还自办私人学校。
拜占廷教育事业发展几经波折，出现过高潮和低潮，其中查士丁尼罢黜百家、独尊基督教的政策对拜占廷教育的破坏最为严重。查士丁尼以后的历代皇帝大多支持教育，例如，君士坦丁九世鉴于司法水平低下，在1045年建立新的法律学校，并要求所有律师在正式开业前必须进入该校接受培训，并通过考试，否则就没资格行业。他还任命大法官约翰为该校首席法学教授，任命著名学者颇塞留斯为该校哲学教授，通过加强师资力量的投入，以提高学生的水平。科穆宁王朝创立者阿莱克修斯一世除了大力支持国立大学和普通学校外，还创造性地开办孤儿学校，帮助无人照料的孤儿接受教育。许多皇帝通过经常提出一些测试性的问题，亲自监督国立大学和学校的工作，检查教学质量，任免教授和教师，给教学效果好的教师增加薪俸。在拜占廷皇帝的亲自过问和参与下，学术活动非常活跃，学校教育发展迅速。