在使用药物治疗时，一定要做到尽早发现，尽早治疗，方能奏效，稍有迟疑，就可造成无法弥补的损失。治疗球虫病的药物很多，常用的有下列几种：
（1）青霉素 每只雏鸡用青霉素3000～6000单位，溶于水中，每500只雏鸡用清水3000～4000毫升，可以给雏鸡饮用；也可以一半饮用，一半用来混合饲料，饮水最好能在1～2小时内饮完。连续用药3天，效果最佳。
（2）金霉素 雏鸡的剂量为每日每只鸡2～4毫克，或者按0.02%的比例添加金霉素，还需加0.05%的钙一同和在饲料中搅拌均匀，连喂4天效果最好。
（3）呋喃唑酮（痢特灵）按照0.03%～0.04%的浓度加入水中饮用或加在饲料中，预防量的浓度为0.015%～0.025%连续用药4～7天即可。
（4）百球清口服液 2.5%的口服液稀释1000倍，连续饮用1～2天效果较好。
（5）磺胺氯吡嗪钠 可以通过饮水或饲料喂服，饮水治疗量为每千克水加药1克，严重的可以到1.5～2克，加入饲料中的剂量为每千克饲料加2克药，均匀搅拌，治疗用药时间连续用药3天，停2天再用3天，即可痊愈。
（6）中国抗球虫药（1.0%马杜霉素铵）该药可加在饲料中饲喂，每吨饲料加500克，一定要逐级均匀搅拌。
以上的6种药物是最为常见的，无论什么药物的使用都应注意经常更换药物种类，这是因为球虫极易产生抗药性。另外还应注意，肉鸡在屠宰前，蛋鸡产蛋前7～14天都应停药，否则在肉蛋中就有药物残留，影响人们的身体健康。