皮蛋由于使用的加工料液或料灰成分不同，因而各地甚至各次加工制作的皮蛋营养成分都有所不同。一般说来，每100克皮蛋中约含水分68克，能量703.4千焦，蛋白质12.6克，脂肪10.7克，碳水化合物6.8克，维生素A原180微克，维生素B10.15毫克，维生素B20.2毫克，尼克酸0.1毫克，维生素E0.22～5.94毫克，钙AAAAAA毫克，磷200毫克，铁3.2毫克，钾175毫克，钠110～735毫克，胆固醇535毫克(皮蛋黄含胆固醇1132毫克)，另含若干其他矿物质和维生素。
除具有一般鸭蛋、鸡蛋的宜忌范围外，皮蛋的特点是有清凉、明目和平肝的药用价值，偶食之可调节胃口，祛除虚火。
由于皮蛋在加工过程中一般都使用了氧化铅，国家规定每500克皮蛋使用氧化铅的量不得超过3毫克，但加工者为了使皮蛋产生美丽的彩花，往往会多加此种配料，致使氧化铅量出现不同程度的超标现象。经常食用超铅量的皮蛋，会造成人体积蓄性铅中毒，或易致日后老年痴呆，或影响少年儿童的智力。现在国内已生产出无铅皮蛋，购买此种产品时要仔细辨认，以防上当。
另外，鸭蛋和鸡蛋在加工过程中，外壳上常有很多沙门氏菌。可以透过蛋壳进入蛋内繁殖，尤其在蛋壳破裂后更易污染到蛋内，因此吃皮蛋过多会影响健康。如发现有破损的皮蛋，以不吃为好。