关于流浪猫对野生动物的危害性，有很多争议。这起事件源于南京大学生命科学学院动物行为与保护实验室在《生物保护学报》上发表的一篇论文。中国每年有超过121亿野生动物被流浪猫或放养猫杀死，随后中国一年内至少有121亿野生动物被猫杀死的说法流传开来。
山东大学哲学与社会发展学院副教授郭鹏指出，南京大学的问卷调查方法缺乏一定的客观性，而人的主观因素和问卷分布的省区会对结果产生很大的影响。后来，论文作者对这一争论作出了回应，并表示各省之间的差异对结果影响不大。但对于问卷中的其他问题，笔者并没有解释清楚。比如调查问卷中的一年内流浪猫带回来的动物数量问题，主要是根据人们的主观记忆，并不一定反映准确的数字。有研究者通过对不同入侵物种的文献综述，来评估它们对不同物种灭绝的影响。啮齿动物与75种动物灭绝有关，猫与63种动物灭绝有关，均威胁到400多种濒危物种。据彼得马拉，89%的猫伤害动物是流浪猫或放养猫。有理由推测，流浪猫确实是这些物种灭绝的罪魁祸首。
流浪猫或放养猫对海岛生态的影响比大陆生态的影响更大，原因很清楚，海岛生态系统相对封闭，当流浪猫等外来物种进入时，可能导致生态系统失衡甚至崩溃。猫是人类携带的入侵性最强的物种之一。我们更多的人在城市里接触流浪猫。城市生态系统在野外相对脆弱，流浪猫数量的不断增加对城市生态造成了极大的危害。英国城市研究发现，随着动物保护的实施，虽然农村地区的鸟类数量开始恢复，但城市地区的鸟类数量并没有增加。通过建立模型，我们可以发现流浪猫可能是一个重要因素。
流浪猫对生态的危害很大，但现阶段的研究很难准确量化其危害，因此需要更多的研究。但是，我们不应忽视建立人类城市或人为引入入侵物种的责任，这比流浪猫本身要大得多。随着人们对流浪猫危害的认识，流浪猫的管理也在逐步完善。现阶段主要有收容所、安乐死和TNR三种方式。第一种是一般性的，第二种是违背动物伦理的。提倡第三种TNR，即捕获、灭菌和释放。这样，就可以减少流浪猫的数量，避免对流浪猫的直接杀戮。这也是一个相对更容易接受的方案。