1、药物治疗。
包括免疫制剂，抗病毒制剂，中药制剂等多种药物，只能辅助治疗。
2、冷冻治疗。
液氮或二氧化碳干冰冷冻，使疣组织(即皮肤损害局部)坏死。冷冻治疗的最大好处是局部去除疣体快，治愈率约70％左右，但复发率较高。治疗过程中会有局部红肿，疼痛及水疱溃疡反应。目前很少采用。
3、激光治疗。
对表浅的湿疣合适;它的特点是见效快，在治疗的当时，疣体即可脱。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次即可使疣体脱落。但是，由于激光的光束过于集中的原故，激光治疗只适用于疣体不太大的尖锐湿疣，如疣体较大，则不适合。激光治疗见效快，但复发率也高。
4、电烧治疗。
电烧灼是较老的一种治疗方法。过去医师常用高频电刀烧灼尖锐湿疣和其他皮肤赘生物。它的特点是操作简单，见效快，但损伤大，烧灼创面恢复慢，遗留疤痕，复发率较高。
5、手术治疗。
对带蒂的较大、孤立的疣体可考虑手术切除。尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，尖锐湿疣很容易复发，使治疗失败。但对带蒂的、较大的疣体或疑有恶变者，可考虑手术切除。有的患者尖锐湿疣生长过于迅速，或大如菜花，其他治疗十分困难，可考虑手术治疗。为防止复发，术后应该配合其他治疗。
6、光动力疗法
疗效确切，清除率高，复发率低，安全无创，不需麻醉，无痛苦，不留疤痕。最大的优势是可以清除HPV亚临床感染和潜伏感染病灶，显著降低复发率。尤其适用于尿道内，宫颈内，肛门周围等特殊解剖部位的治疗，特别适合治疗反复复发的尖锐湿疣以及用其他疗法治疗无效的患者。或者配合其他治疗方法进行综合治疗。是目前尖锐湿疣的理想治疗方案。