生物学的进化理论与神学的创造论都面临着重要的局限。首先，宇宙的起源到现今的多元世界，从微小的基本粒子到庞大的星系，从原始社会到现代文明的飞跃，再到科技从简单到复杂的进步，无一不是演化发展的结果。生物界的演变同样遵循这一规律，从低级生物逐渐发展到高级物种，种类繁多，呈现出从单一到多样性的趋势。
然而，神学创造论在科学层面显得捉襟见肘，它并未对生物物种的形成提供具体且可验证的解释，对科学研究的前景和方法论并无实质贡献。对于生物多样性的理解，创造论无法提供深入的理论支持，也无法解答不同物种间复杂的关系问题。
虽然进化理论承认生物是通过自然选择和人工干预的遗传变异演变而来，但它未能解释这些变异的规模性和必然性，也无法解释物种间为何会出现跨越性的大型遗传演变。这些问题在现有的进化理论框架下仍然有待解答。
生物系统和人工生物系统自组织进化的系统理论，细胞分子系统网络起源、进化与发育的细胞自组织化系统研究，也称为生物系统结构、功能与发生演变的结构论，探讨系统生物学，尤其系统遗传学及其工程技术的合成生物学设计生物系统与人工进化的自组织化理论。