1、概念不同
存放同业是指商业银行存放在其他银行和非银行金融机构的存款。企业（银行）存放于境内、境外银行和非银行金融机构的款项。存放中央银行的款项在“存放中央银行款项”科目核算，不在存放同业本科目核算。
银行存款是储存在银行的款项。它是货币资金的组成部分。根据我国现金管理制度的规定，每一企业都必须在中国人民银行或专业银行开立存款户，办理存款、取款和转账结算，企业的货币资金，除了在规定限额以内，可以保存少量的现金外，都必须存入银行。
2、性质不同
存放同业，是A银行在B银行开立自己的账户，把钱存在B银行，就叫存放同业。同业指的就是同样是银行。存放在同行那里的钱。
银行存款，银行放中央银行款项，这是商业银行存放在中央银行的钱。对于普通企业而言，银行存款指的就是放到商业银行的存款。而对于商业银行而言，它们的银行就是中央银行，它们的银行存款就是“存放中央银行款项”。
3、内容不同
存放中央银行款项是指各金融企业在中央银行开户而存入的用于支付清算、调拨款项、提取及缴存现金、往来资金结算以及按吸收存款的一定比例缴存于中央银行的款项和其他需要缴存的款项。
银行存款是指企业存放在银行的货币资金；按照国家现金管理和结算制度的规定，每个企业都要在银行开立账户，称为结算户存款，用来办理存款、取款和转账结算。