借：应付职工薪酬-医疗费 5000
贷：银行存款 5000
垫付的医疗费从工资中扣出，则应付职工薪酬减少，因为应付职工薪酬属于负债类科目，贷方记增加，借方记减少。甲公司以银行存款为副总经理垫付医药费，银行存款减少，银行存款作为资产类科目，借方记增加，贷方记减少。
应付职工薪酬是企业根据有关规定应付给职工的各种薪酬，按照“工资，奖金，津贴，补贴”、“职工福利”、“社会保险费”、“住房公积金”、“工会经费”、“职工教育经费”、“解除职工劳动关系补偿”、"非货币性福利"、"其它与获得职工提供的服务相关的支出"等应付职工薪酬项目进行明细核算。