默罕默德去世后，哈里发的位置成为焦点。尽管阿里与默罕默德关系密切，但由于逊尼派的阿布·伯克尔、欧麦尔和阿布·欧拜德的坚持，选举制度得以确立，阿布·伯克尔成为第一任哈里发。这引发了阿里与逊尼派的隔阂，他虽未正式宣誓效忠，但随后的叛乱中，阿布·伯克尔的威望和经验成为了关键因素。
随着战争的频繁发生，伊斯兰教团内部裂痕加深。欧麦尔的继任之争，导致选举制度的实施，旧贵族与新移民间的矛盾愈发明显。奥斯曼时期，阿拉伯扩张带来的社会不平等加剧了冲突，阿里不满奥斯曼的统治，阿卜杜拉则公开支持阿里为合法哈里发，并策划刺杀奥斯曼。奥斯曼遇刺后，穆阿维耶利用民意，成功挑战阿里，从而引发了长达数十年的对立。
阿里被迫迁都库法，与穆阿维耶的冲突最终在库法战役中落败。阿里去世后，他的支持者分裂为哈瓦利吉派，与穆阿维耶领导的逊尼派形成了鲜明的对立。什叶派内部进一步分化，形成了十二伊玛目派、伊斯玛仪派和五伊玛目派，各自坚守着隐遁马赫迪的期待，这标志着逊尼派和什叶派两大派系的正式形成。
这场历史上的纷争不仅影响了伊斯兰教的发展，更深层次地反映了不同教派对权力传承和权威认定的分歧，至今仍是伊斯兰世界的重要课题。每个派别都有自己独特的教义和领袖，这些差异塑造了今天的伊斯兰世界，并继续在国际舞台上产生影响。