最初逊尼派和什叶派的分歧是政治因素，先知
默罕默德创立
伊斯兰教后，教团是推举制，他之后的四大哈里发都是教团公推的，而第四任哈里发是默罕默德的养子兼女婿，但是帝国另一个实力家族穆阿维叶早已觊觎大位，就发布阿里对第三任哈里发奥斯曼被杀负有责任，最终穆阿维叶在阿里被刺身亡后继任哈里发，创立了
倭马亚王朝，阿拉伯帝国成为了世袭制，在政治上大多数群众还是希望社会稳定，这些支持政府的多数派就形成了逊尼派，而只承认阿里及阿里后代为合法哈里发的少数派形成了什叶派，因为是少数派兼反政府派，什叶派行事只能相对神秘，而且，他们拥戴阿里后裔为宗教领袖伊玛目，对伊玛目的绝对忠诚成为标志，因此受个人控制的倾向更严重，随后帝国逼迫波斯人改信伊斯兰教，作为历史上
中亚霸主的波斯人虽然接受伊斯兰教，却不甘心退为帝国的附属品，于是利用了政治分歧，支持什叶派，使得波斯在宗教地位上又成为一派宗主，自我麻醉，随着时代变迁，逊尼派和什叶派都在教理上发展出自己的见解，就真正形成了宗教理论分歧，但是普通
穆斯林基本上无法区分差别，总体说来，什叶派更激进，他们有严格的教阶制度，而且更强调对教长的个人归属性，教法认知以教长的最终抉择为判断依据，相对而言，逊尼派比较平和，对教法的认知归结到可兰经和普世价值观，并不依靠教长的最终抉择，更社会化；