"What are you doing?"是一个完整的疑问句，用于询问对方当前正在进行的活动。而"What you are doing"则是一个名词性从句，用于指代某人正在进行的活动，并可作为主语、宾语或表语使用。前者常用于非正式场合，而后者更适用于正式书面语或对行为进行批评、询问或反思的场合。详细的内容如下所示。
从释义区别：
1. "What are you doing?" 是一个完整的疑问句，询问对方正在做什么。
例句：A: What are you doing? B: I'm reading a book.
译文：A: 你在做什么？B: 我正在看书。
2. "What you are doing" 是一个名词性从句，作为主语、宾语或表语使用，指代某人正在进行的活动。
例句：I don't understand what you are doing.
译文：我不明白你在做什么。
从语法区别：
1. "What are you doing?"中的"are"是助动词，用于构成进行时态（present continuous tense），表示现在正在进行的动作。
例句：She is cooking dinner. What are you doing right now?
译文：她正在做晚饭。你现在在做什么？
2. "What you are doing"中的"are"是连系动词，与形容词或名词连用，起连接主语和宾语的作用。
例句：I don't like what you are doing.
译文：我不喜欢你在做的事情。
从用法区别：
1. "What are you doing?"常用于日常交流中，向他人询问对方当前正在进行的活动。
例句：A: What are you doing this weekend? B: I'm going hiking with my friends.
译文：A: 这个周末你打算做什么？B: 我要和朋友们去徒步旅行。
2. "What you are doing"常用于表达对某人行为的理解、不满或疑问。
例句：I don't understand what you are doing.
译文：我不明白你在做什么。
从使用环境区别：
1. "What are you doing?"通常用于日常对话、聊天、电话交谈等非正式场合。
例句：Teacher: What are you doing? Student: I'm writing a letter to my friend.
译文：老师：你在做什么？学生：我正在给朋友写信。
2. "What you are doing"可以用于正式书面语，以及对他人行为进行批评、询问或反思的场合。
例句：I question the legitimacy of what you are doing.
译文：我对你所做的事情的合法性表示质疑。