主要区别有，概念不同、工艺不同、用途不同、水质优缺点不同，具体如下：
一、概念不同
1、蒸馏水
蒸馏水是指经过蒸馏、冷凝操作的水。
2、自来水
自来水是指通过自来水处理厂净化、消毒后生产出来的水，主要通过水厂的取水泵站汲取江河湖泊及地下水，地表水。
二、工艺不同
1、蒸馏水
蒸馏是一种热力学的分离工艺，它利用混合液体或液-固体系中各组分沸点不同，使低沸点组分蒸发，再冷凝以分离整个组分的单元操作过程，是蒸发和冷凝两种单元操作的联合。
2、自来水
自来水是经过多道复杂的工艺流程，通过专业设备制造出来的饮用水。自来水的处理过程如下：
首先必须把水源从江河湖泊中抽取到水厂，然后经过混凝、沉淀、过滤、送入清水池并进行消毒后，由送水泵高压输入自来水管道，最终分流到用户水龙头。整个过程要经过多次水质化验，有的地方还要经过二次加压、二次消毒才能进入用户家庭。
三、用途不同
1、蒸馏水
①、在生活中，一般和机器、电器相关的时候，蒸馏水的作用主要是它不导电，保证机器运行稳定，延长电器使用寿命。
②、在医药行业 ，蒸馏水的作用是因为低渗作用。用蒸馏水冲洗手术伤口。
③、学校里的化学实验，有些需要用蒸馏水，利用的就是蒸馏水无电解质，没有游离离子，或是没有杂质。
2、自来水
供人们生活、生产使用的水。
四、水质优缺点不同
1、蒸馏水
蒸馏水的制作是把源水煮沸后令其蒸发冷凝回收，要大量耗费热能，用于制作蒸馏水的源水中的其它遇热蒸发物质，也就随着蒸馏水的生成而冷凝到蒸馏水中。如对健康有害的酚类、苯化合物，甚至可蒸发的汞等。要想得到纯净水或超纯水，必须经过二次、三次的蒸馏还得增加其它纯净手段。
同时，常饮蒸馏水就等于放弃了从水中获得人体所需的微量元素的5%的来源。
2、自来水
自来水存在一些对身体有害物质，同时也含有人体所需的微量元素。
参考资料来源：百度百科-蒸馏水
参考资料来源：百度百科-自来水